<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt"><font face="Times New Roman">Hi all,</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt"><font face="Times New Roman">&nbsp; Recently, I run a peptide with about 110 atoms solvated in a cubic box with about 1300 rigid TIP3P water molecules. A time step of 2 fs is used. The constraints are turned off (constraints = none in mdp file). As I know, a time step of 1 fs is usually used with no constraints. So my questions are:</font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 18.0pt"><font face="Times New Roman"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;"><span style="mso-list: Ignore">1.<span style="FONT: 7pt &#39;Times New Roman&#39;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></span></span><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt">When I run a peptide simulation, does it make sense if I use a time step of 2 fs when the constraints are turned off?</span></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 18.0pt"><font face="Times New Roman"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;"><span style="mso-list: Ignore">2.<span style="FONT: 7pt &#39;Times New Roman&#39;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></span></span><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt">When the constraints are turned off, the rigid-bond of water molecules are still maintained by the LINCS algorithm?</span></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt"><font face="Times New Roman">&nbsp;Thanks in advance, </font></span></p><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: ; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA"><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span>Xiu Peng.</span>