<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 9pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear gmx-users,<br><br>I have some questions about calculation of lateral diffusion coefficient for bilayer.&nbsp; I've searched this forum, but I still have problems.<br><br>1) I'm trying to get lateral diffusion coefficient of the lipid bilayer , and I typed "g_msd -f ***.xtc -s ***.tpr -o msd.xvg -b 30000 -e 40000 -beginfit 1000 -endfit 7000 -lateral z".&nbsp;&nbsp; I got too high D value (which is shown as D[ xxx] 0.5412 (+/- 0.0021) 1e-5 cm^2/s.&nbsp;&nbsp; I calculated it for each monolayer, and also for bilayer, but had similar values.&nbsp;&nbsp; This big value comes from the size effect ?&nbsp;&nbsp; Is there anyway to get a reasonable lateral D?<br><br>2) When I ran the bilayer simulation, did I have to remove center of mass for each monolayer?&nbsp; My input script is jut like below.&nbsp; Do I need to write commends for center of mass removal for each monolayer, and run simulations again? <br>-------<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>comm-grps =<br>-------<br><br>Thank you for your help in advance.<br><br>best,<br>Hwankyu.<br><br><br /><hr />강력한 폴더 공유 기능과 무료 문자 메시지, 오프라인 쪽지 보내기 기능까지!  <a href='http://windowslive.msn.co.kr/wlm/messenger/' target='_new'>MSN 메신저의 차세대 버전, Windows Live Messenger! </a></body>
</html>