Thank you Mr.David.<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 13, 2008 at 6:45 PM,  &lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
 &nbsp; 1. Problem about *pdbgmx (sudheer babu)<br>
 &nbsp; 2. Re: Problem about *pdbgmx (David van der Spoel)<br>
 &nbsp; 3. Re: problem with mpi configuration. (Dr. Niharendu Choudhury)<br>
 &nbsp; 4. Re: problem with mpi configuration. (Mark Abraham)<br>
 &nbsp; 5. downloading problem (Siavoush Dastmalchi)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 13 Mar 2008 16:39:25 +0530<br>
From: &quot;sudheer babu&quot; &lt;<a href="mailto:sudheer.pbm07@gmail.com">sudheer.pbm07@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Problem about *pdbgmx<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:76de29310803130409m5ae36884v11356d43cfa8c408@mail.gmail.com">76de29310803130409m5ae36884v11356d43cfa8c408@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi gmx-users,<br>
I want to protonate only HIS residues in &nbsp;my protein , so &nbsp;I gave command<br>
like this *pdb2gmx &nbsp;-f protein.pdb -HIS then it asked which number of HIS to<br>
protonate, I gave numbers of HIS residues which I want protonate , it ran<br>
fine without error, but when I open conf.gro file, along with HISH, LYS also<br>
protonating and form LYSH. In input file LYS present like this. Why it<br>
happening like this?<br>
&nbsp;Pls help me.<br>
Thanks in advance.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080313/9258929c/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080313/9258929c/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 13 Mar 2008 12:12:17 +0100<br>
From: David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Problem about *pdbgmx<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:47D90C11.3010208@xray.bmc.uu.se">47D90C11.3010208@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
sudheer babu wrote:<br>
&gt; Hi gmx-users,<br>
&gt; I want to protonate only HIS residues in &nbsp;my protein , so &nbsp;I gave<br>
&gt; command like this *pdb2gmx &nbsp;-f protein.pdb -HIS then it asked which<br>
&gt; number of HIS to protonate, I gave numbers of HIS residues which I want<br>
&gt; protonate , it ran fine without error, but when I open conf.gro file,<br>
&gt; along with HISH, LYS also protonating and form LYSH. In input file LYS<br>
&gt; present like this. Why it happening like this?<br>
<br>
that&#39;s default. use -lys flag and -arg and -glu and -asp<br>
<br>
&gt; &nbsp;Pls help me.<br>
&gt; Thanks in advance.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
--<br>
David van der Spoel, Ph.D.<br>
Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a> &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 13 Mar 2008 16:57:45 +0530 (IST)<br>
From: &quot;Dr. Niharendu Choudhury&quot; &lt;<a href="mailto:nihcho@barc.gov.in">nihcho@barc.gov.in</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] problem with mpi configuration.<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:1205407665.47d90fb11caa7@bts.barc.gov.in">1205407665.47d90fb11caa7@bts.barc.gov.in</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Dear Pohl,<br>
I think your prefix directory /usr/local/gromacs332 is not accesible for<br>
writting. Try to creat new directories with other names and use those in<br>
prefix.<br>
<br>
Have you setenv for the include and lib of the fftw files?<br>
<br>
(For instance, assume we have installed FFTW with --prefix=/home/joe/fftw.<br>
If your shell is tcsh, you set<br>
<br>
setenv CPPFLAGS -I/home/joe/fftw/include<br>
setenv LDFLAGS -L/home/joe/fftw/lib<br>
<br>
or, if you are using a bash shell:<br>
<br>
export CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include<br>
export LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib )<br>
<br>
If not do that.<br>
<br>
Nihar<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Quoting Jens Pohl &lt;<a href="mailto:Pohl.Jens@web.de">Pohl.Jens@web.de</a>&gt;:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; -----Ursprüngliche Nachricht-----<br>
&gt; &gt; Von: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt; &gt; Gesendet: 12.03.08 20:06:55<br>
&gt; &gt; An: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt; &gt; Betreff: Re: [gmx-users] problem with mpi configuration.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp;Thank you very much for help me.<br>
&gt; &gt; &nbsp;I have try to install gromacs 3.3.3 on rhel 4.0.<br>
&gt; &gt; &nbsp;I try to configure gromacs single with the command &nbsp;&quot;./configure<br>
&gt; --enable-mpi --program-suffix=_mpi--prefix=/usr/local/gromacs332&quot;, but when I<br>
&gt; try to install, I have this error:<br>
&gt; &gt; &nbsp;usr/bin/install: cannot create regular file<br>
&gt; `/usr/local/gromacs/bin/grompp_mpi_d--prefix=/usr/local/gromacs333&#39;: No such<br>
&gt; file or directory<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[3]: *** [install-binPROGRAMS] Error 1<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[3]: Leaving directory `/home/mario/gromacs-3.3.3/src/kernel&#39;<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[2]: *** [install-am] Error 2<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[2]: Leaving directory `/home/mario/gromacs-3.3.3/src/kernel&#39;<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[1]: *** [install-recursive] Error 1<br>
&gt; &gt; &nbsp;make[1]: Leaving directory `/home/mario/gromacs-3.3.3/src&#39;<br>
&gt; &gt; &nbsp;make: *** [install-recursive] Error 1<br>
&gt; &gt; &nbsp;I have try to edit the end of the configure command<br>
&gt; &quot;/usr/local/gromacs332&quot; with&quot;/usr/local/gromacs333&quot; and &quot;/usr/local/gromacs&quot;<br>
&gt; but<br>
&gt; &gt; &nbsp;I have anlogue errors. Can you help me?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp;Thanks in advance.<br>
&gt;<br>
&gt; Hallo Mario!<br>
&gt; (Maybe) you have to install as root. When I tried to install gromacs as user,<br>
&gt; I had similar problems.<br>
&gt; Jens<br>
&gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp;Mario<br>
&gt; &gt; Diego Enry &lt;<a href="mailto:diego.enry@gmail.com">diego.enry@gmail.com</a>&gt; ha scritto: You should check the user<br>
&gt; guide.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/documentation/index.php?s=docs" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/documentation/index.php?<br>
s=docs</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; In a nutshell:<br>
&gt; &gt; 1) You need is to install mpich in all machines. Actually you can sync<br>
&gt; &gt; the mpich install directory (also gromacs).<br>
&gt; &gt; 2) You also need to have the same /etc/hosts on every machine. rsync that.<br>
&gt; &gt; 3) You need to grant ssh access without password by creating a rsa-key<br>
&gt; &gt; for every user<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Fell free to private message if you need any additional help.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Ciao.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Tue, Mar 4, 2008 at 6:04 AM, mario ciappy &nbsp;wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; Thank&#39;s Diego,<br>
&gt; &gt; &gt; I&#39;m grateful to you. I have only one question. How can I configure<br>
&gt; mpi/lam<br>
&gt; &gt; &gt; for<br>
&gt; &gt; &nbsp;relaize the comunication between nodes?<br>
&gt; &gt; &gt; I have created an hostsfile with my ip addresses.<br>
&gt; &gt; &gt; Thank&#39;s a lot in advance.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Mario<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Diego Enry &nbsp;ha scritto:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Since you didn&#39;t show us the problems you met.. try following this:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #1) Download essential packages<br>
&gt; &gt; &gt; #1.1) mpich<br>
&gt; &gt; &gt; wget<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/mpich2-" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/mpich2-</a><br>
1.0.6p1.tar.gz<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #1.2) fftw<br>
&gt; &gt; &gt; wget <a href="ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/fftw-3.1.2.tar.gz" target="_blank">ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/fftw-3.1.2.tar.gz</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #1.3) gromacs<br>
&gt; &gt; &gt; wget <a href="ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-3.3.2.tar.gz" target="_blank">ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-3.3.2.tar.gz</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2) compile packages:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2.1) mpich<br>
&gt; &gt; &gt; tar xvfz mpich2-1.0.6p1.tar.gz<br>
&gt; &gt; &gt; cd mpich2-1.0.6p1<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --with-device=ch3:nemesis --enable-fast --disable-cxx<br>
&gt; &gt; &gt; --enable-error-checking=no CFLAGS=-O3 FFLAGS=-O3<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &nbsp;install<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; cd ..<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2.2) fftw single<br>
&gt; &gt; &gt; tar xvfz fftw-3.1.2.tar.gz<br>
&gt; &gt; &gt; cd fftw-3.1.2<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --enable-float --enable-sse --enable-threads<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &gt; make install<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; cd ..<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2.3) gromacs single<br>
&gt; &gt; &gt; tar xvfz gromacs-3.3.2.tar.gz<br>
&gt; &gt; &gt; cd gromacs-3.3.2<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi<br>
&gt; &gt; &gt; --prefix=/usr/local/gromacs332<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &gt; make install<br>
&gt; &gt; &gt; make links<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; cd ..<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2.4) fftw double<br>
&gt; &gt; &gt; cd fftw-3.1.2<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --enable-sse2 --enable-threads<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &gt; make install<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; cd ..<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; #2.2) gromacs double<br>
&gt; &gt; &gt; cd gromacs-3.3.2<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi_d<br>
&gt; &gt; &gt; --prefix=/usr/local/gromacs332 --enable-double<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &gt; make install<br>
&gt; &gt; &gt; make<br>
&gt; &gt; &nbsp;links<br>
&gt; &gt; &gt; make distclean<br>
&gt; &gt; &gt; cd ..<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; On Mon, Mar 3, 2008 at 3:09 PM, mario ciappy wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Dear all,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I&#39;m tried to configure gromacs in parallel but I have meet some<br>
&gt; problems.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I don&#39;t understand if the problems are relative to mpi or gromacs<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; configuration. For this reason I&#39;d be grateful if you explained a<br>
&gt; detailed<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; installation procedure of all that require to run gromacs in parallel,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; started by mpi/lam configuration. I now that is an hard and demanding<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; request, but it is a big help for me because you are only resource.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Thank&#39;s in advance<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Mario<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; ________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; ________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; L&#39;email della prossima generazione? Puoi averla con la nuova Yahoo!<br>
&gt; Mail<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp;_______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; Diego Enry B. Gomes<br>
&gt; &gt; &gt; Laboratório de Modelagem e Dinamica Molecular<br>
&gt; &gt; &gt; Universidade Federal do Rio de Janeiro - Brasil.<br>
&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use<br>
&gt; &gt; &nbsp;the<br>
&gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; ________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; ________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; L&#39;email della prossima generazione? Puoi averla con la nuova Yahoo! Mail<br>
&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; posting!<br>
&gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; Diego Enry B. Gomes<br>
&gt; &gt; Laboratório de Modelagem e Dinamica Molecular<br>
&gt; &gt; Universidade Federal do Rio de Janeiro -<br>
&gt; &gt; &nbsp;Brasil.<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; -----------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; Inviato da Yahoo! Mail.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Il servizio di posta con lo spazio illimitato.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; -----------------------------------------------------------------<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________________________________<br>
&gt; Jetzt neu! Schützen Sie Ihren PC mit McAfee und <a href="http://WEB.DE" target="_blank">WEB.DE</a>. 30 Tage<br>
&gt; kostenlos testen. <a href="http://www.pc-sicherheit.web.de/startseite/?mc=022220" target="_blank">http://www.pc-sicherheit.web.de/startseite/?mc=022220</a><br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
&nbsp;*************************************************************************<br>
&nbsp;* &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;* &nbsp;Dr. Niharendu Choudhury &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Tel: &nbsp; 91-22-2559 5089 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;* &nbsp;Theoretical Chemistry Section, &nbsp; &nbsp;Fax: &nbsp; 91-22-2550 5151 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;* &nbsp;RC &amp; CD Division, Chemistry Group, &nbsp; &nbsp; &nbsp; 91-22-2551-9613 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;* &nbsp;Mod. Lab, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Email: <a href="mailto:nihcho@barc.gov.in">nihcho@barc.gov.in</a> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;*<br>
&nbsp;* &nbsp;Trombay, Mumbai-400 085 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;*<br>
&nbsp;* &nbsp;INDIA &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;*<br>
&nbsp;* &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;* &nbsp;Residence Tel. No. 91-22-2552 7832 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *<br>
&nbsp;*************************************************************************<br>
<br>
<br>
-------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 13 Mar 2008 23:51:47 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] problem with mpi configuration.<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:47D92363.8040307@anu.edu.au">47D92363.8040307@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Dr. Niharendu Choudhury wrote:<br>
&gt; Dear Pohl,<br>
&gt; I think your prefix directory /usr/local/gromacs332 is not accesible for<br>
&gt; writting. Try to creat new directories with other names and use those in<br>
&gt; prefix.<br>
<br>
First, they need to fix their typo in their configure command line, as<br>
mentioned by another poster. Otherwise, it isn&#39;t known that the failure<br>
to write these files is caused by permission issues, rather than their<br>
malformed filename.<br>
<br>
&gt; Have you setenv for the include and lib of the fftw files?<br>
&gt;<br>
&gt; (For instance, assume we have installed FFTW with --prefix=/home/joe/fftw.<br>
&gt; If your shell is tcsh, you set<br>
&gt;<br>
&gt; setenv CPPFLAGS -I/home/joe/fftw/include<br>
&gt; setenv LDFLAGS -L/home/joe/fftw/lib<br>
&gt;<br>
&gt; or, if you are using a bash shell:<br>
&gt;<br>
&gt; export CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include<br>
&gt; export LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib )<br>
&gt;<br>
&gt; If not do that.<br>
<br>
This works, but it&#39;s superior to leave the environment alone and instead<br>
to use &quot;./configure CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include<br>
LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib&quot;. Not only do you avoid having to get it<br>
right for each shell, but you don&#39;t pollute your environment for this<br>
shell (small point), and (more importantly) in config.log you will have<br>
a record of the command line for any subsequent time you need to run<br>
configure. When someone has to come back in 6 months to configure an MPI<br>
or double-precision version, the record of what was done last time saves<br>
on repeated detective work.<br>
<br>
If you need multiple -I or -L flags, then enclosing them in quotes,<br>
separated by spaces, works, i.e. &quot;./configure LDFLAGS=&#39;-L/some/lib<br>
-L/some/other/lib&#39;&quot;<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Thu, 13 Mar 2008 16:44:14 +0330<br>
From: &quot;Siavoush Dastmalchi&quot; &lt;<a href="mailto:Dastmalchi.s@tbzmed.ac.ir">Dastmalchi.s@tbzmed.ac.ir</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] downloading problem<br>
To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:C8C110ABF258864B8AD00D320942B6273AE834@exch-srv.tbzmed.ac.ir">C8C110ABF258864B8AD00D320942B6273AE834@exch-srv.tbzmed.ac.ir</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;windows-1256&quot;<br>
<br>
Hi there,<br>
<br>
This may not be relevant to this list but I am hopping to get an answer. The problem is that I can&#39;t download the source code for Grommacs from the download site and it seems that the link to web interface to the ftp server is not working as well.<br>

<br>
I tried to use an ftp program to connect to <a href="http://ftp.gromacs.org" target="_blank">ftp.gromacs.org</a> but wasn&#39;t sure what should I use for User Name and Password.<br>
<br>
Many thanks in advance.<br>
<br>
Siavoush<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: not available<br>
Type: application/ms-tnef<br>
Size: 3100 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080313/3b7e67b8/attachment.bin" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080313/3b7e67b8/attachment.bin</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 47, Issue 41<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br>