<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<BLOCKQUOTE><BR>
<META content="Microsoft SafeHTML" name=Generator>
<STYLE>.ExternalClass .EC_hmmessage P{padding:0px;}.ExternalClass body.EC_hmmessage{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}</STYLE>
I'm doing a dynamic of a peptide in a mixture TFE/H2O ( 30/70 %).<BR>I'm using this file.mdp :<BR>&nbsp;<BR><FONT size=2>cpp = /lib/cpp<BR>define = -DFLEX_SPC&nbsp;-DPOSRES<BR>constraints = all-bonds<BR>integrator = md<BR>tinit = 0.0<BR>dt = 0.002 ; ps !<BR>nsteps = 500000 ; total 1000 ps.<BR>nstcomm = 1<BR>nstxout = 1000<BR>nstvout = 1000<BR>nstfout = 0<BR>nstxtcout = 50<BR>xtc_precision = 1000<BR>nstlog = 1000<BR>nstenergy = 1000<BR>nstlist = 5<BR>rlist = 1.0<BR>coulombtype = Cut-off<BR>rcoulomb = 1.4<BR>rvdw = 1.4<BR>epsilon_r = 1.0<BR>; Temperature coupling is on in two groups<BR>Tcoupl = Berendsen<BR>tc-grps = system<BR>tau_t = 0.1<BR>ref_t = 300<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps = system<BR>; Pressure coupling is not on<BR>Pcoupl = Berendsen<BR>tau_p = 0.5<BR>compressibility = 4.5e-5<BR>ref_p = 1.0<BR>; Generate velocites is on at 300 K.<BR>gen_vel = no<BR>gen_temp = 300<BR>gen_seed = 173529<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;<BR>I 'd know if this file is correct.<BR>Thank you<BR></FONT><BR>
<HR>
Windows Live Mobile <A href="http://windowslivemobile.msn.com/Homepage.aspx?lang=it-it" target=_blank>Collegati a Messenger dal tuo cellulare!</A> </BLOCKQUOTE><br /><hr />Windows Live Messenger <a href='http://www.messenger.it' target='_new'>Hai giÓ installato il nuovo Messenger? Clicca qui</a></body>
</html>