<div dir="ltr">This seems to me a very complicated realization. Why doesn&#39;t GROMACS&nbsp;provide an easy way for wall simulation?<br><br>
<div class="gmail_quote">2008/10/11 Omer Markovitch <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:omermar@gmail.com">omermar@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div dir="ltr">Oh, I didn&#39;t read carefully.<br>My suggestion would be, perhaps, to physically put atoms on the sides of the box (possibly, fill each side completely), and to place on them very high repulsion.<br>You might want to freeze them up, and exclude their self interactions from the energy calculation.<br>
<br>Good guess Suman. Omer. 
<div class="Ih2E3d"><br clear="all">&nbsp; <br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/" target="_blank">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>
<br><br></div>
<div class="Ih2E3d">
<div class="gmail_quote">On Sat, Oct 11, 2008 at 09:26, Suman Chakrabarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:suman@sscu.iisc.ernet.in" target="_blank">suman@sscu.iisc.ernet.in</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">Possibly what he is interested in is a system WITHOUT PBC? I don&#39;t think<br>with PBC the system is really &quot;confined&quot;, since there is no true wall to<br>
reflect the colliding molecules. Thus to study the effect of real<br>confinement, it is necessary to remove PBC and impose reflective<br>boundary conditions. I am only guessing! :)<br><br><br>--Suman.<br></blockquote></div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sun Li<br>Department of Physics<br>
Nanjing University, China<br></div>