Oo.. I&#39;m so sorry for I&#39;m not aware of this. But I&#39;m really new to linux environment and don&#39;t really have a good mastering skill on the commandline that it works with. As you said that I&#39;m not given the permission to write in that directory, sudo was the only thing that I can think of out from my knowledge. I don&#39;t really know how to do my work at the subdirectory of my hoe directory. And does the meaning of &quot;<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; ">adjust your environment variables to give you ready access to GROMACS stuff by using &quot;source /path/to/GMXRC&quot; using the &nbsp;path in which you installed the GROMACS binaries&quot; requires me to make some changes in the source code or just by typing &quot;</span><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; ">source /path/to/GMXRC&quot; at the terminal would have open the access for me in the directory?&nbsp;</span><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">I&#39;m sorry for my ignorance... I think I would better get some books on linux environment and read on it first.</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br>
</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">Joyce<br></span><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 29, 2008 at 12:11 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="Ih2E3d">Kwee Hong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi. Thanks for your enlightenment. Now, I&#39;m able to run pdb2gmx with the output files produced. I just added &#39;sudo&#39; before ./pdb2gmx and it allows me to write in the directory. But unfortunately, this step seem does not work for ./gmxtest.pl. I&#39;m having the same output even after i had added &#39;sudo&#39; in front of it. <br>

</blockquote>
<br></div>
If you do this kind of thing, your machine is a ticking time bomb. I gave you good advice last time. I&#39;m not going to give you more :-)<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>