<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Thank you David, I got it now. For future reference of the list, my initial confusion was because I had misinterpretated that ADH is an alternate *implementation* of DHA. But really, ADH is an independent geometric *definition*.<br><br>-Rob<br><br>&gt; Date: Fri, 6 Feb 2009 22:32:48 +0100<br>&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] g_hbond angle def<br>&gt; <br>&gt; rob yang wrote:<br>&gt; &gt; At the risk of exposing my density in triangle geometry here, why does <br>&gt; &gt; 180-DHA = ADH?<br>&gt; &gt;       H<br>&gt; &gt;    /     \<br>&gt; &gt; D ----- A<br>&gt; <br>&gt; This shows it... I confused it even further. The angle we have been <br>&gt; using since 3.2 is HDA. If 0, it is perfect, if more than 30 (-acut <br>&gt; option) it is not counted anymore.<br>&gt; <br>&gt; Sorry for the confusion.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thank you.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -Rob<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  &gt; Obviously the DHA angle in a linear Hbond is<br>&gt; &gt;  &gt; 180, so it should either be 180-DHA or ADH. The ADH angle is what's<br>&gt; &gt;  &gt; implemented in gromacs &gt; 3.2.1, however in 3.1.4 it still was DHA. The<br>&gt; &gt;  &gt; default maximum angle has changed from 60 in gmx 3.1.4 (based on Kabsch<br>&gt; &gt;  &gt; and Sander 1983) to 30 (from 3.2.1 onwards, based on other literature).<br>&gt; &gt;  &gt; So my paper uses ADH, even though it says DHA.<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Thank you.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; -Rob<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Windows Live Messenger. Multitasking at its finest.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/messenger.aspx&gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>&gt; &gt;  &gt; Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>&gt; &gt;  &gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205. Fax: +4618511755.<br>&gt; &gt;  &gt; spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org http://folding.bmc.uu.se<br>&gt; &gt;  &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Twice the funó Share photos while you chat with Windows Live Messenger. <br>&gt; &gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/messenger.aspx&gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>&gt; Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>&gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. Fax: +4618511755.<br>&gt; spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org   http://folding.bmc.uu.se<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Twice the funó <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/messenger.aspx' target='_new'>Share photos while you chat with Windows Live Messenger.</a></body>
</html>