hello everybody<br>
thank you for u suggestion,&nbsp; as i am new to Linux. so i am facing problem in find out my working directory.<br>what is the universal path location of gromac in ubantu 8.10&nbsp; where i can type my command for execute the programme.<br>

plz help me regarding finding working directory.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 24, 2009 at 2:41 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Send gmx-users mailing list submissions to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
 &nbsp; 1. gromac running in ubantu 8.10 (akalabya bissoyi)<br>
 &nbsp; 2. Re: gromac running in ubantu 8.10 (Justin A. Lemkul)<br>
 &nbsp; 3. Turning off electrostatic or Van der Waals interactions (Lee Soin)<br>
 &nbsp; 4. Re: Turning off electrostatic or Van der Waals &nbsp; &nbsp;interactions<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;(Justin A. Lemkul)<br>
 &nbsp; 5. Re: Turning off electrostatic or Van der Waals &nbsp; &nbsp;interactions<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;(Lee Soin)<br>
 &nbsp; 6. Re: Turning off electrostatic or Van der &nbsp;Waals &nbsp; interactions<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;(Justin A. Lemkul)<br>
 &nbsp; 7. analysis using Gromacs tools &nbsp;(oguz gurbulak)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 06:37:30 -0800<br>
From: akalabya bissoyi &lt;<a href="mailto:bissoyi.akalabya@gmail.com">bissoyi.akalabya@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] gromac running in ubantu 8.10<br>
To: <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>, <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:f166b2e50902230637i10031f2ck2e89ce4ef457a161@mail.gmail.com">f166b2e50902230637i10031f2ck2e89ce4ef457a161@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
hello everybody<br>
<br>
i have install gromac in my ubantu8.10 through synaptic package but after<br>
install how to run the programme, where to put the input file ,how to run<br>
the programme.<br>
plz anybody help me.<br>
&nbsp;thank u have nice day<br>
<br>
--<br>
akalabya<br>
N.I.T.Rourkela<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/15c5dae0/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/15c5dae0/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 09:41:08 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] gromac running in ubantu 8.10<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49A2B584.60605@vt.edu">49A2B584.60605@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
akalabya bissoyi wrote:<br>
&gt; hello everybody<br>
&gt;<br>
&gt; i have install gromac in my ubantu8.10 through synaptic package but<br>
&gt; after install how to run the programme, where to put the input file ,how<br>
&gt; to run the programme.<br>
<br>
1. Read the manual.<br>
2. Search Google for &quot;Gromacs tutorial&quot;<br>
3. Visit <a href="http://wiki.gromacs.org" target="_blank">wiki.gromacs.org</a> and read the tutorial information and FAQ&#39;s there<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; plz anybody help me.<br>
&gt; &nbsp;thank u have nice day<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; akalabya<br>
&gt; N.I.T.Rourkela<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 23:26:40 +0800<br>
From: Lee Soin &lt;<a href="mailto:nomadoro@gmail.com">nomadoro@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Turning off electrostatic or Van der Waals<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interactions<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:e2838e4e0902230726u4f3ffdbavea1e35a307a3a729@mail.gmail.com">e2838e4e0902230726u4f3ffdbavea1e35a307a3a729@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi!<br>
Is there an option to turn off electrostatic or Van der Waals interactions<br>
in GROMACS?<br>
<br>
--<br>
Sun Li<br>
Department of Physics<br>
Nanjing University, China<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/b8f40279/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/b8f40279/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 10:29:12 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Turning off electrostatic or Van der Waals<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interactions<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49A2C0C8.4050104@vt.edu">49A2C0C8.4050104@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Lee Soin wrote:<br>
&gt; Hi!<br>
&gt; Is there an option to turn off electrostatic or Van der Waals<br>
&gt; interactions in GROMACS?<br>
&gt;<br>
<br>
Look into the free energy code; if this is not your intent, be more specific<br>
with what you are trying to do.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; --<br>
&gt; Sun Li<br>
&gt; Department of Physics<br>
&gt; Nanjing University, China<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 23:44:04 +0800<br>
From: Lee Soin &lt;<a href="mailto:nomadoro@gmail.com">nomadoro@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Turning off electrostatic or Van der Waals<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interactions<br>
To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>, Discussion list for GROMACS users<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:e2838e4e0902230744i217553c3o6121a0aabd6228c0@mail.gmail.com">e2838e4e0902230744i217553c3o6121a0aabd6228c0@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
I&#39;m trying to rule out the effect of electrostatic or Van der Waals<br>
interactions while performing a simulation. Do you mean that I should modify<br>
the code and re-compile?<br>
<br>
2009/2/23 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Lee Soin wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hi!<br>
&gt;&gt; Is there an option to turn off electrostatic or Van der Waals interactions<br>
&gt;&gt; in GROMACS?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; Look into the free energy code; if this is not your intent, be more<br>
&gt; specific with what you are trying to do.<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp;--<br>
&gt;&gt; Sun Li<br>
&gt;&gt; Department of Physics<br>
&gt;&gt; Nanjing University, China<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Graduate Research Assistant<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Sun Li<br>
Department of Physics<br>
Nanjing University, China<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/23e209f2/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/23e209f2/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 10:48:06 -0500<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Turning off electrostatic or Van der &nbsp; Waals<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interactions<br>
To: &quot;Gromacs Users&#39; List&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49A2C536.6020308@vt.edu">49A2C536.6020308@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Lee Soin wrote:<br>
&gt; I&#39;m trying to rule out the effect of electrostatic or Van der Waals<br>
&gt; interactions while performing a simulation. Do you mean that I should<br>
&gt; modify the code and re-compile?<br>
&gt;<br>
<br>
No, I mean use the free energy options in the .mdp file. &nbsp;You may be able to use<br>
a B-state in the topology with dummy atoms to accomplish what you want to do.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; 2009/2/23 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Lee Soin wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Is there an option to turn off electrostatic or Van der Waals<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interactions in GROMACS?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Look into the free energy code; if this is not your intent, be more<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; specific with what you are trying to do.<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Sun Li<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Physics<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Nanjing University, China<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; --<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Graduate Research Assistant<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; posting!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Sun Li<br>
&gt; Department of Physics<br>
&gt; Nanjing University, China<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 7<br>
Date: Mon, 23 Feb 2009 13:10:17 -0800 (PST)<br>
From: oguz gurbulak &lt;<a href="mailto:gurbulakoguz@yahoo.com">gurbulakoguz@yahoo.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] analysis using Gromacs tools<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:447025.52293.qm@web36301.mail.mud.yahoo.com">447025.52293.qm@web36301.mail.mud.yahoo.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
Dear All,<br>
&nbsp;<br>
I&#39;m planning to use Gromacs &nbsp;for analysis with Amber trajectory files ( mdcrd, rst files ). And I found a script that converts Amber mdcrd files to Gromacs-compatible .xtc files. I want to learn that if Gromacs-compatible .xtc files are enough to perform an analysis using Gromacs tools ? or Will I have to have some other files for analysis in Gromacs ? &nbsp;I’m waiting for your suggestions and helps.<br>

&nbsp;<br>
Thank you very much for your attention.<br>
&nbsp;<br>
Sincerely<br>
<br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/2d2ac454/attachment.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090223/2d2ac454/attachment.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 58, Issue 125<br>
******************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>akalabya<br>N.I.T.Rourkela<br>