<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 3, 2009 at 11:47 PM, Nicolas <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nsapay@ucalgary.ca">nsapay@ucalgary.ca</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Manik Mayur a écrit :<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br><div class="Ih2E3d">
If I have 2 mpi environments, namely LAM and openMPI, and I want gromacs to use openMPI of the two, what extra option should I pass during the ./configure step? In my case openMPI is installed locally(in my /home folder).<br>

</div></blockquote>
Sorry, I&#39;ve misunderstood your message. Anyway, I would first check twice the paths to the binaries in my script. Then, I would check my environment variables, especially PATH, LD_LIBRARY_PATH and LD_RUN_PATH. You might need to modify them to make sure any Lam-related stuff is loaded by default in your environment.<br>

</blockquote><br>ok, is there any specific option or environment variable through which I can make gromacs aware of openMPI and not LAM while installation? If I carry on the default --enable-mpi thing, upon executing the following:<br>
<br>     $/home/openmpi/bin/mpirun -np 4 mdrun_mpi -s eql_mpi.tpr -o eql_mpi.trr<br>
<br>I get the following error:<br><br><div class="Wj3C7c">------------------------------------------------<br>
        It seems that there is no lamd running on this host, which<br>
        indicates<br>
        that the LAM/MPI runtime environment is not operating.  The<br>
        LAM/MPI<br>
        runtime environment is necessary for MPI programs to run (the MPI<br>
        program tired to invoke the &quot;MPI_Init&quot; function).<br>
<br>
        Please run the &quot;lamboot&quot; command the start the LAM/MPI runtime<br>
        environment.  See the LAM/MPI documentation for how to invoke<br>
        &quot;lamboot&quot; across multiple machines.<br>
        -----------------------------------------------------------------------------<br>so it is like mdrun_mpi was configured with LAM and hence it is looking for it.<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

I&#39;ve tried to use a local installation of openMPI myself, but finally asked my sysadmin to install it for all users. I had many problems with libraries that couldn&#39;t be loaded properly.<br>
<br>
Cheers,<br>
Nicolas<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Thanks,<br>
Manik<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
On Tue, Mar 3, 2009 at 10:58 PM, Nicolas &lt;<a href="mailto:nsapay@ucalgary.ca" target="_blank">nsapay@ucalgary.ca</a> &lt;mailto:<a href="mailto:nsapay@ucalgary.ca" target="_blank">nsapay@ucalgary.ca</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
    Hi,<br>
<br>
    As mentioned by the error message:<br>
<br>
<br>
      Please run the &quot;lamboot&quot; command the start the LAM/MPI runtime<br>
<br>
    Before using Lam, you have to boot it. In my scripts, I&#39;ve got<br>
    something like:<br>
<br>
      lamboot -v $PBS_NODEFILE<br>
      lamrun -v -np $NPROC mdrun mdargs<br>
      lamhalt<br>
<br>
    I don&#39;t use Lam often, though, you might need to use different Lam<br>
    options.<br>
<br>
    Nicolas<br>
<br>
    Manik Mayur a écrit :<br>
<br>
        Hi,<br>
<br>
        I have till now successfully used openMPI and gromacs<br>
        together. Recently I got a cluster where I tried to install<br>
        openMPI and gromacs locally as I donot have root priviledges<br>
        on it. But it turns out that it already has MPI environment on<br>
        it (LAM) which I donot want to use (as the version is quite<br>
        old.. the cluster still has gcc-3.2.3!).<br>
        So after installing openMPI 1.3 and gromacs 4.0.4 on it (in my<br>
        /home folder), I tried to execute:<br>
<br>
        $/home/openmpi/bin/mpirun -np 4 mdrun_4_mpi -s eql_mpi.tpr -o<br>
        eql_mpi.trr<br>
<br>
        It gives the following error:<br>
<br>
        -----------------------------------------------------------------------------<br>
        It seems that there is no lamd running on this host, which<br>
        indicates<br>
        that the LAM/MPI runtime environment is not operating.  The<br>
        LAM/MPI<br>
        runtime environment is necessary for MPI programs to run (the MPI<br>
        program tired to invoke the &quot;MPI_Init&quot; function).<br>
<br>
        Please run the &quot;lamboot&quot; command the start the LAM/MPI runtime<br>
        environment.  See the LAM/MPI documentation for how to invoke<br>
        &quot;lamboot&quot; across multiple machines.<br>
        -----------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
        My question is - Why it still tries to look for LAM<br>
        environment or lamd? I will be extremely thankful if somebody<br>
        gives a hint.<br>
<br>
        -Manik<br>
        --         Graduate student<br>
        Microfluidics Lab<br>
        Dept. of Mechanical Engg.<br>
        IIT Kharagpur<br>
        ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
        _______________________________________________<br>
        gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
        <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
        before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
    <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Graduate student<br>
Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>
IIT Kharagpur<br></div><div class="Ih2E3d">
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>