<div style="text-align: left;">Hello gromacs users,<br><br>I want to ask a simple thing, which nevertheless is not really clear to me,<br>but it&#39;s sometimes too important. For instance, I have in my molecule torsional<br>
angle around a double bond: -C-C(H)=C(H)-C-. The dihedral potential contains<br>following four parts:<br>-C-C=C-C-, a U1 from topology<br>-H-C=C-C-, a U2=U3 from topology<br>-C-C=C-H-, a U3=U2 from topology<br>-H-C=C-H-, a U4 from topology<br>
Attention please, here the question is: how does the final potential look like? Is it just only a sum<br>Utot=(U1+U2+U3+U4) or gromacs divides it on the number of elements of the dihedral, I mean, in this case,<br>Utot=0.25*(U1+U2+U3+U4)?<br>
<br>A lot of thanks in advance.<br></div><br>--<br>With best regards/  ,<br>Orekhov Ph.S./ ..<br>Department of biology, Moscow University<br>