Hi,<br />
   I have a 13 residue peptide which I have kept in a box using the following command <br />
    <br />
     editconf  -f conf.gro -bt cubic -o box.gro -d 0.75 <br />
                      the flag "-d 0.75" is given as per the ' minimum image convention'.<br />
<br />
When I solvate the box, 6772 water molecules get added.<br />
<br />
With such large no. of water molecules i get the following warning while using the "grompp" <br />
command.<br />
<br />
T coupling group is less than 10% of the total system.  <br />
<br />
I have coupled the protein and solvent to the heat bath separately, using the terms <br />
"protein " and "non-protein".<br />
<br />
Moreover with such large no. of water molecules , the no.of degrees of freedom increases <br />
very much, and while doing Replica exchange md, I need to have more no.of replicas to <br />
maintain my desired acceptance ratio.<br />
<br />
How can I avoid this problem?<br />
Any suggestion will be very helpful.<br />
<br />
Thank You,<br />
Sarbani<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>