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<BR>&nbsp;Thank you very much, André. Could you please indicate me how could I&nbsp;use these parameters in Gromacs? I have not seen them included in ions.itp and I could not find anything in the manual.<BR>
Best wishes,<BR>
Rebeca.<BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp;<BR>&gt; Date: Mon, 1 Jun 2009 14:52:35 -0300<BR>&gt; Subject: RE: [gmx-users] crystals of KCl during simulation<BR>&gt; From: moura@ufscar.br<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; <BR>&gt; Hi Rebeca,<BR>&gt; <BR>&gt; I found out a few years ago that OPLS parameters for Na+ were inadequate<BR>&gt; for my simulations on surfactants aggregation due to the formation of<BR>&gt; stable (and unrealistic) ionic bridges. I got better structures using<BR>&gt; Aqvist's parameters (available in GROMACS), maybe you could try these<BR>&gt; parameters for K+ as well.<BR>&gt; <BR>&gt; please let me know if that works.<BR>&gt; <BR>&gt; best regards,<BR>&gt; <BR>&gt; André<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Yes, I use PME.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Date: Mon, 1 Jun 2009 19:34:27 +0200<BR>&gt; &gt;&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<BR>&gt; &gt;&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] crystals of KCl during simulation<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Rebeca García Fandiño wrote:<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Thank you very much for your answer. I have read some recent<BR>&gt; &gt;&gt; literature,<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; and you are right, it is a problem about the parameters for ions in<BR>&gt; &gt;&gt; Amber.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; I have found this paper:<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Parameters of Monovalent Ions in the Amber-99 Forcefield: Assesment of<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Inaccuracies and Proposed Improvements<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0765392<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; There, they simulate nucleic acids using a combination of Amber and<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; OPLS sigma and epsilon for the ions. I have tried that in the case of<BR>&gt; &gt;&gt; my<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; protein, just changing the ion sigma and epsilon in the topology by<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; those corresponding to OPLS, but I still observe aggregation for the<BR>&gt; &gt;&gt; ions.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Would this combination of Amber and OPLS have any kind of potential<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; problem during the simulation? Has anybody any idea to avoid this type<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; of artefact?<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Just checking, do you use PME? (You should...)<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Thank you very much in advance,<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Rebeca.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] crystals of KCl during simulation<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Date: Mon, 1 Jun 2009 14:34:55 +0200<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; From: baaden@smplinux.de<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Hi,<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; regafan@hotmail.com said:<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; [..] but after equilibration I have observed that KCl is<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; aggregating, like<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; if it was making crystals. When I used NaCl instead KCl, this not<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; happened.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Does anybody has any idea about the reason of the behaviour of<BR>&gt; &gt;&gt; KCl in<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; the simulation?<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; This even does happen with Amber :) So my guess is you correctly<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; transferred<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; the parameters, but stumbled upon an artefact. If you check the<BR>&gt; &gt;&gt; recent<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; literature you may notice that many publications with Amber using K+<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; only employ minimal (neutralising) salt conditions as a workaround.<BR>&gt; &gt;&gt; At<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; least this is what we did recently [1].<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Marc Baaden<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; [1] Interactions between neuronal fusion proteins explored by<BR>&gt; &gt;&gt; molecular<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; dynamics, Biophys.J.94, 2008, 3436-3446.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; http://dx.doi.org/10.1529/biophysj.107.123117<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; --<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Dr. Marc Baaden - Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; mailto:baaden@smplinux.de - http://www.baaden.ibpc.fr<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; FAX: +33 15841 5026 - Tel: +33 15841 5176 ou +33 609 843217<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; posting!<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; ¿Eres del Madrid, del Barça, del Atleti...? Apoya a tu equipo en la<BR>&gt; &gt;&gt; Zona<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Fan de MSN Deportes<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; &lt;http://opiniones.msn.es/default.aspx/Futbol/Atletico-de-Madrid &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; &gt;&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>&gt; &gt;&gt; posting!<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt;&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; --<BR>&gt; &gt;&gt; David.<BR>&gt; &gt;&gt; ________________________________________________________________________<BR>&gt; &gt;&gt; David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<BR>&gt; &gt;&gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>&gt; &gt;&gt; Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>&gt; &gt;&gt; phone: 46 18 471 4205 fax: 46 18 511 755<BR>&gt; &gt;&gt; spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org http://folding.bmc.uu.se<BR>&gt; &gt;&gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>&gt; &gt;&gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt;&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>&gt; &gt;&gt; posting!<BR>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; _________________________________________________________________<BR>&gt; &gt; Recibe toda las noticias de actualidad al instante en tu Messenger<BR>&gt; &gt; http://especiales.es.msn.com/noticias/msninforma.aspx<BR>&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><br /><hr />El nuevo Windows Live tiene mucho que ofrecerte.  <a href='http://www.windowslive.es ' target='_new'>Descúbrelo en estos vídeos </a></body>
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