I tried to follow the &quot;Membrane Protein&quot; tutorial at:<br><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a><br>
<br>I downloaded the &quot;properly oriented&quot; PDB file of the KALP-15 model peptide:<br><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/Files/KALP-15_princ.pdb">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/Files/KALP-15_princ.pdb</a><br>
<br>I then attempted to run the pdb2gmx command:<br><br>pdb2gmx -f KALP-15_princ.pdb -o KALP-15_processed.gro -ignh -ter -water spc<br><br>For the force field, I chose #4, the &quot;GROMOS96 53a6 force field&quot;, as well as &quot;None&quot; for the termini, as stated in the tutorial.  However, pdb2gmx outputs the following error message:<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.0.5<br>Source code file: pgutil.c, line: 87<br><br>Fatal error:<br>Atom H not found in residue 17 while adding improper<br>-------------------------------------------------------<br>
<br>Please let me know how I should go about this.<br><br>Thanks,<br><br>Nancy<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 28, 2009 at 1:12 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">Quoting Nancy &lt;<a href="mailto:nancy5villa@gmail.com">nancy5villa@gmail.com</a>&gt;:<br>

<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I am new to Gromacs, but have prior experience with MD simulations.  I&#39;d<br>
&gt; like to setup and run a simulation of hydrated<br>
&gt; dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) lipid bilayers at room temperature<br>
&gt; (~298 K).  Are there tutorials that provide step-by-step instructions on how<br>
&gt; to do this?<br>
&gt;<br>
<br>
</div></div>Not directly, but there are several resources available.  Step 1 should<br>
certainly be Chapter 5 of the manual, to understand how to construct the<br>
topology of your system, since pdb2gmx will not do it for you.  Other than<br>
that, there are general references online:<br>
<br>
<a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Membrane_Simulations" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Membrane_Simulations</a><br>
<br>
There is also a plethora of question/answer threads in the list archive, which<br>
can be searched through the online interface:<br>
<br>
<a href="http://oldwww.gromacs.org/swish-e/search/search2.php" target="_blank">http://oldwww.gromacs.org/swish-e/search/search2.php</a><br>
<br>
Structures and topologies can be downloaded from a number of research group<br>
webpages, many of which are cited in the literature and mentioned in the<br>
archived discussions.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; Thank you.<br>
&gt;<br>
&gt; Nancy<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>