<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18812">
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" lang=EN-US><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">Hi All<?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" lang=EN-US><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">I have&nbsp; problems with the binding energy. I have 
done a series of dynamics simulation on a series of analogues compounds using 
PME and i would like to compute the binding energy of all the analyzed 
compounds.<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" lang=EN-US><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">I have read a lot on the mail archive but it is still 
unclear. I have done a dynamics of the complex (protein+ligand) and I repeated 
the same analysis for the ligand in solution. I am not using g_lie since I used 
PME. Iím using the aveage values for Coul and LJ energy but the resulting 
binding energy is not real. What I have to do to avoid PME contribution. I am 
doing same mistakes ?<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" lang=EN-US><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">Could someone help me please? Any idea will be really 
appreciated.<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><?xml:namespace prefix = st1 ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:place w:st="on"><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" lang=EN-US><FONT size=3 
face="Times New Roman">Ant.</FONT></SPAN></st1:place><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-US" 
lang=EN-US><o:p></o:p></SPAN></P></FONT></DIV></BODY></HTML>