<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
I don't know if this is worth all the troube.<br>Gromacs performance is not very dependent on FFT speed (unless you<br>choose your parameters badly). FFTW is faster than anything else<br>on most platforms (often including hardware vendor specific FFT's).<br>Simply sticking to FFTW will probably never result in a significant<br>performance loss.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: darth.vasya@gmail.com<br>Date: Fri, 18 Sep 2009 09:08:48 +0400<br>Subject: Re: [gmx-users] Gromacs using MKL with Intel 11.1 compilers<br>To: cousins@umit.maine.edu; gmx-users@gromacs.org<br>CC: <br><br><div class="ecxgmail_quote"><div>Hi,<br>&nbsp;</div><blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left: 1ex;">
Anybody have any real-world comparisons of using MKL vs. FFTW3?<br>
</blockquote><div><br><a href="http://www.quantumespresso.org/user_guide/node16.html">http://www.quantumespresso.org/user_guide/node16.html</a> says: <br><br><div style="margin-left: 40px;">Axel Kohlmeyer suggests the following (April 2008): 
"(I've) found that Intel is now turning on multithreading without any
warning and that is for example why their FFT seems faster than
FFTW. For serial and OpenMP based runs this makes no difference (in
fact the multi-threaded FFT helps), but if you run MPI locally, you
actually lose performance. Also if you use the 'numactl' tool on linux
to bind a job to a specific cpu core, MKL will still try to use all
available cores (and slow down badly). The cleanest way of avoiding
this mess is to either link with
</div><pre style="margin-left: 40px;">-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core (on 64-bit: x86_64, ia64)<br>-lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core (on 32-bit, i.e. ia32 )<br></pre><div style="margin-left: 40px;">
or edit the libmkl_'platform'.a file (I'm using now a file libmkl10.a with:
</div><pre style="margin-left: 40px;">  GROUP (libmkl_intel_lp64.a libmkl_sequential.a libmkl_core.a)<br></pre><div style="margin-left: 40px;">
It works like a charm".

<br></div><br>So, this might contribute to your problem. Please tell us if Axel's suggestion works for you!<br><br>Best regards,<br>Vasilii<br></div></div>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>