<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear Berk,<BR>
&nbsp;&nbsp; Unfortunately, this time it is angle (table_a0.xvg)&nbsp;that&nbsp;cause the problem. The angles are&nbsp;taken in degrees. I think it is not due to&nbsp;the wrong unit. Anyway, thanks&nbsp;very much for your reply.<BR>&nbsp;Best wishes,<BR>
Chaofu Wu, Dr.<BR>
<HR id=stopSpelling>
From: gmx3@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: RE: [gmx-users] a bit strange errors<BR>Date: Fri, 16 Oct 2009 09:21:18 +0200<BR><BR>
<STYLE>
.ExternalClass .ecxhmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</STYLE>
Hi,<BR><BR>Last week another user reported very similar problems (also 164% deviations, I think).<BR>In that case it seemed that the user did an Angstrom to nm conversion in the table file<BR>on x without scaling f(x). Could this also be your issue?<BR><BR>Berk<BR><BR>
<HR id=ecxstopSpelling>
From: xiaowu759@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: RE: [gmx-users] a bit strange errors<BR>Date: Fri, 16 Oct 2009 14:55:40 +0800<BR><BR>
<STYLE>
.ExternalClass .ecxhmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</STYLE>
Dear Mark,<BR>&nbsp;&nbsp; Thank you very much for the quick reply to my post. According to your suggestion, I check the&nbsp;table and reformat it with equal spacing between entries. I also check the entries calculated from the analytical functions and no wrong values are found. However, the same warnings&nbsp;are given, which lead to terminate the simulation. Are there any other reasons responsible for it?<BR>Best wishes,<BR>Chaofu Wu, Dr.&nbsp;<BR>&gt; Date: Fri, 16 Oct 2009 14:18:17 +1100<BR>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: Re: [gmx-users] a bit strange errors<BR>&gt; <BR>&gt; wuxiao wrote:<BR>&gt; &gt; Dear GMXers,<BR>&gt; &gt; Recently, I has been performing coarse-grained MD simulations based <BR>&gt; &gt; on the tabulated potentials using GROMACS. In the initialization, some <BR>&gt; &gt; warnings are given as follows <BR>&gt; &gt; /WARNING: For the 999 non-zero entries for table 0 in table_b0.xvg the <BR>&gt; &gt; 
 forces deviate on average 164% from minus the numerical derivative of <BR>&gt; &gt; the potential/<BR>&gt; <BR>&gt; This looks like your table has either wrong values or wrong formatting.<BR>&gt; It does have to have equal spacing between entries.<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; It proceeds untill at about 17 ns before it is interupted with some errors<BR>&gt; &gt; /WARNING: 1-4 interaction between 148 and 151 at distance 13.125 which <B>&gt; &gt; is larger than the 1-4 table size 2.000 nm/<BR>&gt; &gt; I think the duartion time is long enough to equilibrated the system, <BR>&gt; &gt; which is confirmed by the energy plot with time. Why it happens so? What <BR>&gt; &gt; should I do to cope with this problem? Thanks a lot for any reply to <BR>&gt; <BR>&gt; Perhaps much of the table is fine, and the problem only arises when you<BR>&gt; get a force being looked up in an erroneous part.<BR>&gt; <BR>&gt; Mark<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing
  list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><BR></B>
<HR>
<B>使用新一代 Windows L iv e Messenger 轻松交流和共享! <A href="http://www.windowslive.cn/Messenger/">立刻下载!</A></B> <BR>
<HR>
What can you do with the new Windows Live? <A href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</A>                                               <br /><hr />更多热辣资讯尽在新版MSN首页! <a href='http://cn.msn.com/' target='_new'>立刻访问!</a></body>
</html>