<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><div>Thanks Dr Hess.<br><br>I didn't get an error message when using grompp, then I think I didn't have too many exclusions.<br><br>I didn't know about using couple_type in this context before. If I get it correctly, if I want to exclude all non-bonding interactions inside a protein using couple_type, I must define it as follows in each mdp file for each lambda: (I need to decouple all the non-bonding intra molecular interactions for each lambdas):<br><br>couple_moltype=protein<br>couple_lambda0=none<br>couple_lambda1=none<br>couple-intramol=none<br><br>If this is right, I will test it for my system which has ~7000 protein atoms. BTW I am still a little confused about the reported 1-4 energies while using exclusions, could you please explain this?. For my smaller system I got zero SR but non-zero 1-4
 energies, even that the interactions between all the atoms were excluded. If I remove the pairs in topology file I would get no 1-4 term along with a different dV/dl value. So does it mean if I want to exclude all the intramolecular interactions I have to remove pairs? (my system is frozen and therefore I am not worried about the conformational change of the protein and also I am mainly interested in dV/dl values, which in this case is related to the electrostatic interaction of a residue with water as the charges on that residue being turned off).<br><br>Regards,<br>Reza Salari<br><br><br></div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for
 GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thu, December 3, 2009 3:30:27 AM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE: [gmx-users] Exclusions in topology file seem not working for big systems<br></font><br>


<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;padding:0px;}
body.hmmessage
{
font-size:10pt;font-family:Verdana;}
--></style>

Hi,<br><br>If you really had too many exclusions you would get an error message.<br>
So I just tested this.<br>I used the couple_moltype option to couple a 389 atom protein.<br>This generates exclusions between each protein atom and the 388 others.<br>All interactions are excluded correctly (and re-added as special 1-4's because<br>of the couple option).<br>So I don't understand what is going wrong in your case.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 2 Dec 2009 09:31:03 -0800<br>From: resal81@yahoo.com<br>Subject: Re: [gmx-users] Exclusions in topology file seem not working for big        systems<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>

<style>
.ExternalClass DIV
{}
</style><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: Courier New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 12pt;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Thanks for your response Dr van der Spoel.<br><br></span><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Then there is a&nbsp; limit on the number of atoms that can be defined in the exclusions section. My smaller system has 60 atoms and I used exclusions successfully for that, so I guess the limit might be a little more than 32.<br><br>Regarding the use of </span> energygrp_excl,<span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">it seems it does not work with PME. If I define the protein in the </span>energygrp_excl <span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">group, grompp gives me this warning:<br></span><pre style="">Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy
 groups<br></pre><br>  <span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Which I think means some of electrostatics is not going to be excluded between protein atoms. Is there a workaround for this? I think my last resort would be to run a simulation first with PME and without exclusions, and then rerunning it but this time by defining protein in the </span>energygrp_excl<span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">&nbsp; and using cut-off instead of PME. Then I guess I will be left with only protein-water interactions.<br><br>Regards,<br>Reza Salari<br></span><br><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br></span><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users
 &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wed, December 2, 2009 11:59:49 AM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Exclusions in topology file seem not working for big systems<br></font><br>
Reza Salari wrote:<br>&gt; Hi All,<br>&gt; <br>&gt; I seem to have a hard time to use exclusions in topology file. I have a relatively big system (~400 aa) that I am trying to calculate the difference in desolvation energy (dA) upon turning off charges on a specific residue using thermodynamics integration method. The system is a complex of two proteins and is frozen inside the box (for my project I need it to be frozen).<br><br>You can have max 32 exclusions per atom AFAIK.<br>However you can use energy_group_excluisions in the mdp file.<br>&gt; <br>&gt; To calculate the desolvation energy, I need to exclude all the non-bonding interactions among protein atoms, then the dA that I get corresponds to the desolvation energy (and doesn't include the lost interactions between mutated residue and the rest of protein). I couldn't use energygrp_excl in mdp file since I am using PME.&nbsp; So I defined exclusions in topology file as follows (three-dot means
 that numbers continue to the last number):<br>&gt; <br>&gt; [ exclusions]<br>&gt; 1 2 3 4 5 6 ... 6420<br>&gt; 2 1 3 4 5 6 ... 6420<br>&gt; 3 1 2 4 5 6 ... 6420<br>&gt; ...<br>&gt; ...<br>&gt; 6420 1 2 3 ... 6419<br>&gt; <br>&gt; I used gmxdump to check that the exclusions were actually implemented, and it seems that they were.<br>&gt; <br>&gt; However when I use g_energy, I don't get zero energy for short range interactions. Here are the results of g_energy for simulations with and without exclusions:<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul-SR:Protein-Protein&nbsp;  LJ-SR:Protein-Protein&nbsp; &nbsp;  Coul-14:Protein-Protein&nbsp; &nbsp;  LJ-14:Protein-Protein<br>&gt; no exclusions&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -20277.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -13030.7&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 37023.9&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7890.52<br>&gt; using exclusions&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -16221.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -10332.9&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 37023.9&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7890.52<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I did the same test with a small system (~6 residue) and I did get zero SR interactions. While the exclusions work for my small system, I don't know why they seem not working for my bigger system. Am I missing something here or is there something like an implicit limit for the number of atoms that can be defined in the exclusion section of topology file?<br>&gt; <br>&gt; I appreciate any hint or help.<br>&gt; <br>&gt; Regards,<br>&gt; Reza Salari<br>&gt; <br><br><br>-- David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; fax: 46 18 511
 755<br><a rel="nofollow" ymailto="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><span><span>&nbsp;  <a target="_blank" href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a></span></span><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><span><span><a target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span></span><br><span><span>Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!</span></span><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><span><span>Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></span></span><br></div></div>

</div>                                               <br><hr>New Windows 7: Find the right PC for you. <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://windows.microsoft.com/shop">Learn more.</a></div></div>
<!-- cg10.c1.mail.mud.yahoo.com compressed/chunked Thu Dec  3 08:16:25 PST 2009 -->
</div></body></html>