Hi<br>†<br>†I used commands trjconv and trjcat for fitting and obtaining of superimposed structure between initial and final structure but when I open pdb file containing superimposed structure with VMD, 2 structures were shown but there is some exessive bonds.<br>
†<br>I did following works but problem was not solved.† <br>†<br>I donít have non-standard molecules in my pdb files.<br>†<br>When I load the initial and final structures only into VMD before superposition with trjconv, they display correctly.<br>
†<br>I loaded topology file first and then the coordinates on top of that.<br>†<br>I added END record after the TER<br>†<br>I attached my pdb file containing superimposed structure.<br>†<br>I attached picture that vmd shows with name 1.bmp. I specify some of excess bonds.<br>
†<br>Please guide me.