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<body class='hmmessage'>
Well, I fixed a bug with g_rdf -xy before the 4.0.7 release.<br>But apparently this fix does not work under all conditions.<br>Could one of you file a bugzilla and attach a tpr file and a trajectory,<br>preferably with only one or very few frames and write the exact command line?<br><br>Thanks,<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 23 Feb 2010 13:51:39 -0500<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] problem in g_rdf using only x and y<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Rebeca García Fandiño wrote:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; thank you very much for your answer. However, I have tried with the <br>&gt; &gt; 4.0.7 version, and the problem continues, and it is just the same. I <br>&gt; &gt; have the trajectory and tpr file obtained with the 4.0.4 version. Do you <br>&gt; &gt; think it cares, or maybe is it another problem?<br>&gt; <br>&gt; I think there is a problem in g_rdf, not a 4.0.4 vs 4.0.7 issue.  I was actually <br>&gt; about to report this problem, myself.  I have simulations that I did with <br>&gt; version 4.0.7, and the RDF analysis hung the exact same way as you reported.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Cheers,<br>&gt; &gt; Rebeca.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; From: gmx3@hotmail.com<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] problem in g_rdf using only x and y<br>&gt; &gt; Date: Tue, 23 Feb 2010 16:47:43 +0100<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I fixed this bug in 4.0.7.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; From: regafan@hotmail.com<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; Date: Tue, 23 Feb 2010 15:40:07 +0000<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] problem in g_rdf using only x and y<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; I am trying to calculate g_rdf using only the x and y components of the <br>&gt; &gt; distance (gromacs 4.0.4):<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; g_rdf -f trajectory.xtc -s production1.tpr -n index.ndx -o rdf_Na_xy.xvg <br>&gt; &gt; -com -norm -pbc -xy and the calculations stays at the window:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Select a group: 1<br>&gt; &gt; Selected 1: 'UNK'<br>&gt; &gt; Select a group: 4<br>&gt; &gt; Selected 4: 'Na'<br>&gt; &gt; Reading frame       0 time    0.000  <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; for days...(I had to kill it after 4 days).<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Using the same order without -xy takes only 10 minutes.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Is there anything wrong with the commands I am using? Or maybe is there <br>&gt; &gt; a bug in the -xy option?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thank you very much for your help, in advance.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Best wishes,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Rebeca Garcia.<br>&gt; &gt; &lt;http://serviciosmoviles.es.msn.com/hotmail/movistar.aspx&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; ¿Quieres tener a tus amigos de Facebook en Messenger? ¡Clic AQUÍ! <br>&gt; &gt; &lt;http://vivelive.com/feedfacebook/&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; New Windows 7: Find the right PC for you. Learn more. <br>&gt; &gt; &lt;http://windows.microsoft.com/shop&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Navega con el navegador más seguro de todos. ¡Descárgatelo ya! <br>&gt; &gt; &lt;http://www.vivelive.com/internetexplorer8&gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
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