<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Which version of Gromacs are you using?<br>I can't see any issues in the 4.0 code, but some older version might have problems.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 26 Feb 2010 12:05:56 -0500<br>Subject: Re: [gmx-users] problem with the size of freeze groups<br>From: jampanis@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Dear Berk,<div><br></div><div>They are same, freeze and Tmp2 are exactly the same groups. I just put them like that for my convenience, just to&nbsp;avoid confusion in my second email i made it uniform.</div><div><br></div><div>
Thanks</div><div>Srinivas.<br><div><br><div class="ecxgmail_quote">On Fri, Feb 26, 2010 at 11:59 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="ecxgmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">




<div>
That is what I suspected, by I don't know why this is.<br><br>Are you really sure you made a temperature coupling group<br>that is exactly the freeze group?<br>This first mdp file you mailed had a different group names for the freeze group<br>
and the tcoupl groups.<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Fri, 26 Feb 2010 11:53:49 -0500<div><div></div><div class="h5"><br>Subject: Re: [gmx-users] problem with the size of freeze groups<br>From: <a href="mailto:jampanis@gmail.com">jampanis@gmail.com</a><br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br>Dear Berk,&nbsp;<div><br></div><div>It looks to me some thing is wrong when i change the radius from 35 to 25, &nbsp;herewith i am giving grpopts for both systems</div>
<div><br></div><div><br></div><div>+++++++++++++++++++++++++</div>
<div><div>grpopts: (system with 35 A)</div><div>&nbsp;&nbsp; nrdf: &nbsp; &nbsp; 33141.4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0</div><div>&nbsp;&nbsp; ref_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 300 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0</div><div>&nbsp;&nbsp; tau_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1</div><div>+++++++++++++++++++++++++</div><div>
<blockquote style="padding-left: 1ex;"><div>grpopts: (system with 25A)</div><div><div>&nbsp;&nbsp; nrdf: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0</div><div>&nbsp;&nbsp; ref_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 300 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0</div>
<div>
<div>&nbsp;&nbsp; tau_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1</div></div><div>++++++++++++++++++++++++</div><div><br></div></div></blockquote><div>&nbsp;&nbsp; I think some thing is going wrong when the size of freezing group is increased. I don't know whether my understand is correct or not.</div>

<div><br></div><div>&nbsp;</div><blockquote style="padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Thanks&nbsp;</div><div>Srinivas.</div><div><div></div><div><div>
<br></div><br><div>On Fri, Feb 26, 2010 at 11:01 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="padding-left: 1ex;">



<div>
Ah, but that does not correspond to the mdp options tou mailed.<br>Here there is only one group with 0 degrees of freedom and reference temperature 0.<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Fri, 26 Feb 2010 10:50:13 -0500<div><div>


</div><div><br>Subject: Re: [gmx-users] problem with the size of freeze groups<br>From: <a href="mailto:jampanis@gmail.com">jampanis@gmail.com</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>


<br>HI<div><br></div><div>Thanks, My log file shows me "nrdf: &nbsp; &nbsp; 0"</div><div><br></div><div>###############</div><div><br></div><div><div>&nbsp;&nbsp; grpopts:</div><div>&nbsp;&nbsp; nrdf: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0</div><div>&nbsp;&nbsp; ref_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0</div>



<div>&nbsp;&nbsp; tau_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0</div><div><br></div><div>###############</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Srinivas.</div></div><div><br><div>On Fri, Feb 26, 2010 at 10:25 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>



<blockquote style="padding-left: 1ex;">



<div>
Hi,<br><br>Then I have no clue what might be wrong.<br>Have you check nrdf in the log file?<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Fri, 26 Feb 2010 09:54:22 -0500<br>Subject: Re: [gmx-users] problem with the size of freeze groups<div>



<div></div><div><br>From: <a href="mailto:jampanis@gmail.com">jampanis@gmail.com</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br>Dear Berk,<div>
<br></div><div>Thanks for your&nbsp;response, As you mentioned i have&nbsp;separated&nbsp;t-coupling group for frozen and non-frozen groups, still the result is same.</div><div>Herewith i am giving my md.mdp file, Can you&nbsp;suggest&nbsp;me if i am missing any options in &nbsp;my md.mdp file?</div>




<div><br></div><div>Thanks again</div><div>Srinivas.</div><div><br></div><div>md.mdp file</div><div><br></div><div>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; color: rgb(51, 51, 51);">title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = AB2130<br>




cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002 ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1500000 ; total 3.0 ns.<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect data&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; every 2.0 ps<br>




nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect velocity every 2.0 ps<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect energy&nbsp;&nbsp; every 2.0 ps<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>




coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>




optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp; 0.1<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Tmp1 Tmp2<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp; 0<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>




gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>acc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Tmp2<br>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1 0.1<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Tmp2<br>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y</span></div><div>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>




<br><div>On Fri, Feb 26, 2010 at 6:25 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote style="padding-left: 1ex;">





<div>
Hi,<br><br>It seems there is a bug in grompp, which subtracts degrees of freedom for<br>constraints in water also for frozen water molecules.<br>I guess the md.log file reports zero degrees of freedom for your t-coupl group.<br>




You can circumvent this issue by putting all your frozen atoms in a separate<br>t-coupling group.<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Wed, 24 Feb 2010 21:34:30 -0500<br>From: <a href="mailto:jampanis@gmail.com">jampanis@gmail.com</a><div>




<br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>Subject: [gmx-users] problem with the size of freeze groups<div><div></div><div><br><br><div>Dear Gromacs Users,</div>

<div><br>I would like to compare the diffusion coefficient of water in different confined spheres with the bulk solvent, I have taken a solvent box of size 7nm, and I have created a sphere with radius 25  as lowest and 35  as highest spheres. I have not used the pressure coupling for MD, and temp coupling is applied for freezing and non freezing waters separately. In case of the bigger sphere (i. e, 35 ) the diffusion coefficient is 2.4 10-5 cm2/s (comparable with bulk), but the system with 25  radius gives me almost 0 diffusion coefficient. When I open the log file of 25  system it shows the initial temperature as zero.</div>






<div><br>Is there any relation between size of freezing group and temperature coupling? How the sphere with 35  radius is working fine but not with the radius 25 ?</div>
Can anybody help me?<br>
Here is my m.mdp file<br>
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = AB2130<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002 ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1500000 ; total 3.0 ns.<br>





nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect data&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; every 2.0 ps<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect velocity every 2.0 ps<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000 ; collect energy&nbsp;&nbsp; every 2.0 ps<br>





nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>





fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp; 0.1<br>





tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Tmp1 Tmp2<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp; 0<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>acc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Tmp2<br>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1 0.1<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Freez<br>





freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y<br>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>Computational Biophysics Group<br>





Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>





**********************************************<br><br><br><br>                                               <br></div></div><div><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a></div>




</div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>




J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>




 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>
</div>                                               <br></div></div><hr>New Windows 7: Find the right PC for you. <a href="http://windows.microsoft.com/shop">Learn more.</a></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>



J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>



 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>
</div>                                               <br></div></div><hr>New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href="http://windows.microsoft.com/shop">Find the right PC for you.</a></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>


J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>


 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>
</div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>

Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>

**********************************************<br><br><br>
</div>                                               <br><hr>New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href="http://windows.microsoft.com/shop">Find the right PC for you.</a></div></div></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>
J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>
</div></div>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>