<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Sun, 21/3/10, sonali dhindwal <i>&lt;sonali11dhindwal@yahoo.co.in&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: sonali dhindwal &lt;sonali11dhindwal@yahoo.co.in&gt;<br>Subject: query regarding pdb2gmx program for protein with metal and a ligand<br>To: mailman@gromacs.org<br>Date: Sunday, 21 March, 2010, 1:43 PM<br><br><div id="yiv1182940812"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">Hello Sir/Madam,<br>I am new to Gromacs, and o want to run molecular dynamics study for analysis of my modelled protein
 which consist of a Metal Mn and a Ligand in it. <br>But whenever I run the first step of generation of topology file through <span style="font-weight: bold;">pdb2gmx&nbsp;</span> program, I am getting error msg that <br><span style="font-weight: bold;">Fatal error:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Residue 'MN' not found in residue topology database</span><br><br>So, the program fails, and I cant move forward.<br>I tried by deleting metal and ligand from my protein, then it is working, but I have to consider Metal and ligand.<br>I searched on google also, regarding this error, but couldnt get through this problem, so please help.<br>Thanks in advance.<br><br>Regards<br><div>--<br>Sonali
 Dhindwal</div></td></tr></tbody></table><br>
      <hr size="1"> 
Your Mail works best with the New Yahoo Optimized IE8. <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_ie8_new/*http://downloads.yahoo.com/in/internetexplorer/">Get it NOW!</a>.</div></blockquote></td></tr></table><br>



      <!--1--><hr size=1></hr> 
The INTERNET now has a personality. YOURS! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">See your Yahoo! Homepage</a>.