<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Ah, I can make some advertisement for my own work again.<br>If you can do equilibrium simulations these will always be more efficient<br>than non-equilibrium, as Justin also pointed out below.<br>I have published a case where you can not (or not efficiently) do equilibrium<br>simulations, because you don't know the end state, then non-equilibrium<br>simulations are really useful, otherwise not:<br>http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma702070n<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 24 Mar 2010 10:48:18 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] how to reconstruct potentials of mean force through        time series analysis of SMD or pulling simulations<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; xi zhao wrote:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Dear Mr Justin A. Lemkul :<br>&gt; &gt;   In fact, please read the document <br>&gt; &gt; http://sunsite.informatik.rwth-aachen.de/Publications/CEUR-WS/Vol-513/paper06.pdf,  <br>&gt; &gt; the document sho
 ws the PMF can be reconstructed from the SMD, why?<br>&gt; <br>&gt; I never disputed that fact.  Please the post I just sent you.  The conclusions <br>&gt; of the paper indicate that umbrella sampling is more robust and costs less time, <br>&gt; although, if conducted properly, SMD can yield similar results.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; thank you!<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; 4 <br>&gt; &gt; &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844&gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; --- *10年3月24日,周三, Justin A. Lemkul /&lt;jalemkul@vt.edu&gt;/* 写道:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     发件人: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>&gt; &gt;     主题: Re: [gmx-users] how to reconstruct potentials of mean force<br>&gt; &gt;     through time series analysis of SMD or pulling simulations<br>&gt; &gt;     收件人: "Gromacs Users' List" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &g
 t;     日期: 2010年3月24日,周三,下午10:10<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     xi zhao wrote:<br>&gt; &gt;      &gt; dear Mr Justin A. Lemkul :<br>&gt; &gt;      &gt; I have read your _tutorial ,it is suitable for umbrella sampling<br>&gt; &gt;     method, it is not for SMD, wham or g_wham can not be used!_<br>&gt; &gt;      &gt; _Thnak you!_<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     If you want to use SMD trajectories to calculate free energy<br>&gt; &gt;     changes, you will need Jarzynski's inequality and a large amount of<br>&gt; &gt;     sampling.  I do not think such a method is implemented in Gromacs;<br>&gt; &gt;     you may have to write your own scripts to do this.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     -Justin<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt; 4<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844<br>&gt; &gt;     &lt
 ;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844&gt;&gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt; --- *10年3月24日,周三, Justin A. Lemkul /&lt;jalemkul@vt.edu<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu&gt;&gt;/* 写道:<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     发件人: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu&gt;&gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     主题: Re: [gmx-users] how to reconstruct potentials of mean force<br>&gt; &gt;      &gt;     through time series analysis of SMD or pulling simulations<br>&gt; &gt;      &gt;     收件人: "Discussion list for GROMACS users"<br>&gt; &gt;     &lt;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org&gt;&gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     日期: 2010年3月24日,
 苋,下午9:58<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     xi zhao wrote:<br>&gt; &gt;  
    &gt;      &gt; Dear gromacs users:<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt; How to reconstruct potentials of mean force through time<br>&gt; &gt;     series<br>&gt; &gt;      &gt;     analysis of SMD or pulling simulations; for example, software or<br>&gt; &gt;      &gt;     script using, how to reconstruct PMF in detail?<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt; thank you very much!<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials#Umbrella_Sampling<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     -Justin<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt; 4<br>&gt; &gt;      &gt; <br>&gt; &gt;        &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=70
 3fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844&gt;<br>&gt; &gt;      &gt; <br>&gt; &gt;        &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.webmessenger.yahoo.com/index.php?t=1&amp;to=eWlkPXpoYW94aWl0YzIwMDI-&amp;sig=703fa929658518b2720b087c59cd85f2dabf8844&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     -- ========================================<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;      &gt;     Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;      &gt;     ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;      &gt;     MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;      &gt;     Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;      &gt;     Virginia Tech<br>&gt; &gt;      &gt;     Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;      &gt;     jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; &gt;      &gt;     http:
 //www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     ========================================<br>&gt; &gt;      &gt;     -- gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;      &gt; <br>&gt; &gt;        &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;      &gt;     http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;      &gt;     Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt;      &gt;     posting!<br>&gt; &gt;      &gt;     Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt; &gt;      &gt;     interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;      &gt; <br>&gt; &gt;        &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.
 com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org&gt;.<br>&gt; &gt;      &gt;     Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     -- ========================================<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;     Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;     ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;     MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;     Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;     Virginia Tech<br>&gt; &gt;     Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;     jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; &gt;     http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     ========================================<br>&gt; &gt;     -- gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;     http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt;
  &gt;     Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt;     posting!<br>&gt; &gt;     Please don't post (
un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt; &gt;     interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org<br>&gt; &gt;     &lt;http://cn.mc151.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org&gt;.<br>&gt; &gt;     Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br
 >&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>