<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">Hi Nisha,<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />I have performed a benchmark simulations of TIP3P water and I still obtained density 0.984g.cm-3. It looks that this model gives such a density. If you look at JCP 79, 926, 1983 you will see that the authors got 0.982g.cm-3 with MC. (Table 3) Try to evaluate alsoo other properties, each model of water has some deficiencies. I tried large number of cut-offs combinations LJ and QQ tyoes of interactions, but the density did not gange by more than 0.001g.cm-3. <br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Greetings<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Zuzana<br /><br /><span>Dòa 03/31/10, nishap.patel@utoronto.ca napísal:</span><blockquote cite="mid:20100331135811.m9codqnpus8cwkks@webmail.utoronto.ca" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hello,<br /><br />    So I looked at the manual and I changed my mdp parameters as follows to equilibrate at a constant pressure.<br /><br /> RUN CONTROL PARAMETERS =<br />integrator               = sd<br />tinit                    = 0<br />dt                       = 0.002<br />nsteps                   = 500000<br />nstcomm                  = 1<br />nstxout                  = 0<br />nstvout                  = 0<br />nstfout                  = 0<br />nstlog                   = 500<br />nstenergy                = 500<br />nstxtcout                = 0<br />xtc-precision            = 1000<br />nstlist                  = 5<br />ns_type                  = grid<br />pbc                      = xyz<br />rlist                    = 1.3<br />coulombtype              = pme<br />rcoulomb                 = 1.3<br />epsilon-r                = 1<br />vdw-type                 = switch<br />rvdw-switch              = 1.0<br />rvdw                     = 1.2<br />DispCorr                 = EnerPres<br />fourierspacing           = 0.1<br />fourier_nx               = 0<br />fourier_ny               = 0<br />fourier_nz               = 0<br />pme_order                = 6<br />ewald_rtol               = 1e-06<br />epsilon_surface          = 0<br />optimize_fft             = no<br />tc_grps                  = system<br />tau_t                    = 0.1<br />ref_t                    = 298<br />Pcoupl                   = berendsen<br />tau_p                    = 1.0<br />compressibility          = 4.5e-05<br />ref_p                    = 1.0<br />constraints              = all-bonds<br />constraint-algorithm     = Lincs<br />unconstrained-start      = no<br />lincs-order              = 4<br />lincs-warnangle          = 30<br />lincs-iter               = 1<br />gen_vel                  = yes<br />gen_temp                 = 298.0<br />gen_seed                 = 173529<br /><br />I also tried using mdp parameters as mentioned in some of the gromacs tutorials. I ran this simulation for 1ns and I am still getting density around 985g/l, which is low for tip3p water (27nm^3, 900 water molecules). I checked some of the publications and the values they obtained were ~998g/l. I checked for vacuum in my system, but I didn't see anything out of the ordinary. Any insights?<br /><br />Thanks<br /><br />Nisha P<br /><br /><br /><br />Quoting nishap.patel@utoronto.ca:<br /><br />&gt;Thanks. I will look up the manual again.<br />&gt;<br />&gt;Quoting Sander Pronk &lt;pronk@cbr.su.se&gt;:<br />&gt;<br />&gt;&gt;Hi Nisha,<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;Looking at your .mdp, there are some issues that might lead to the<br />&gt;&gt;behavior that you describe:<br />&gt;&gt;First: you should try to look up the published densities for tip3p<br />&gt;&gt;water at 300K - they might actually be close to what you get.<br />&gt;&gt;Second: your neighbor list cut-off (rlist) might be too small to<br />&gt;&gt;fully contain the charge groups (check the manual, section 7.3.11).<br />&gt;&gt;Third: You haven't enabled long-range mean field correction for the<br />&gt;&gt;pressure or energy. Expect the pressure to be strongly dependent on<br />&gt;&gt;cut-off (see the same section).<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;Sander<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;On Mar 30, 2010, at 22:47 , nishap.patel@utoronto.ca wrote:<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;I have a box (3x3x3nm) of Tip3p water molecules ~900 and the<br />&gt;&gt;&gt;density when I create the box using genbox is 997.177g/l. I did<br />&gt;&gt;&gt;energy minimization run and the potential energy did converge<br />&gt;&gt;&gt;smoothly, so I did NPT equilibration run of 100ps and I got the<br />&gt;&gt;&gt;density value of 975g/l. Why does the density decrease after the<br />&gt;&gt;&gt;run? these are the parameters that I used :<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;RUN CONTROL PARAMETERS<br />&gt;&gt;&gt;integrator               = md<br />&gt;&gt;&gt;tinit                    = 0<br />&gt;&gt;&gt;dt                       = 0.002<br />&gt;&gt;&gt;nsteps                   = 50000<br />&gt;&gt;&gt;nstcomm                  = 0<br />&gt;&gt;&gt;nstxout                  = 0<br />&gt;&gt;&gt;nstvout                  = 0<br />&gt;&gt;&gt;nstfout                  = 0<br />&gt;&gt;&gt;nstlog                   = 100<br />&gt;&gt;&gt;nstenergy                = 100<br />&gt;&gt;&gt;nstxtcout                = 0<br />&gt;&gt;&gt;xtc_precision            = 1000<br />&gt;&gt;&gt;nstlist                  = 5<br />&gt;&gt;&gt;ns-type                  = Grid<br />&gt;&gt;&gt;pbc                      = xyz<br />&gt;&gt;&gt;rlist                    = 1.1<br />&gt;&gt;&gt;coulombtype              = pme<br />&gt;&gt;&gt;rcoulomb                 = 1.1<br />&gt;&gt;&gt;epsilon-r                = 1<br />&gt;&gt;&gt;vdw-type                 = switch<br />&gt;&gt;&gt;rvdw-switch              = 0.8<br />&gt;&gt;&gt;rvdw                     = 1.0<br />&gt;&gt;&gt;Tcoupl                   = V-rescale<br />&gt;&gt;&gt;tc-grps                  = System<br />&gt;&gt;&gt;tau_t                    = 0.1<br />&gt;&gt;&gt;ref_t                    = 300<br />&gt;&gt;&gt;Pcoupl                   = berendsen<br />&gt;&gt;&gt;tau_p                    = 0.5<br />&gt;&gt;&gt;compressibility          = 4e-05<br />&gt;&gt;&gt;ref_p                    = 1.0<br />&gt;&gt;&gt;constraints              = all-bonds<br />&gt;&gt;&gt;constraint-algorithm     = Lincs<br />&gt;&gt;&gt;unconstrained-start      = no<br />&gt;&gt;&gt;lincs-order              = 4<br />&gt;&gt;&gt;lincs-iter               = 1<br />&gt;&gt;&gt;lincs-warnangle          = 30<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;Am I missing something?<br />&gt;&gt;&gt;Thanks<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;Nisha Patel<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;--<br />&gt;&gt;&gt;gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;&gt;&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;&gt;&gt;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br />&gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt;&gt;&gt;www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;&gt;&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;--<br />&gt;&gt;gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;&gt;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br />&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt;&gt;www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;Nisha Patel<br />&gt;MSc Candidate<br />&gt;Leslie Dan Faculty of Pharmacy<br />&gt;Department of Pharmaceutical Sciences<br />&gt;144 College Street<br />&gt;Room 1172<br />&gt;Toronto, ON<br />&gt;M5S 3M2<br />&gt;Canada<br />&gt;Telephone: 416-978-1536<br />&gt;<br />&gt;--<br />&gt;gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br />&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt;www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br />&gt;<br /><br /><br /><br />Nisha Patel<br /><br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br /></div></blockquote></div>