<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I quickly ran the tpr file you provided on bugzilla, but I don't see an enormous energy drift.<br>What do you mean with "the energy explodes"?<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 21 Apr 2010 11:18:53 -0400<br>Subject: Re: [gmx-users] RE: [Bug 404] energy increase in nvt and nve         simiulations<br>From: jampanis@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Dear Berk,<div><br></div><div>I am sorry for poor communication, Herewith i am giving my md.mdp file. I this file as you could see i am using two temp coupling groups Tmp1 is protein and a 2nm spherical layer of water around it, and the second one Tmp2 which has only water. Now i want to fix the Tmp2 and apply 0 K to it. As you could see that from the file below i have taken&nbsp;Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= V-rescale and two coupling groups Tmp1 and Tmp2 to make a frozen wall. I am not&nbsp;accelerating&nbsp;any group here.</div>
<div><br></div><div>In other words the goal of simulation is to check the&nbsp;behavior&nbsp;of protein is a confined sphere, i am trying to make frozen wall by freezing water around the protein after a specified distance.&nbsp;</div><div>
<br></div><div><br></div><div>++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div><div>title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = SS2130</div><div>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /usr/bin/cpp</div><div>constraints &nbsp; &nbsp; = all-bonds</div><div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp;= md</div>
<div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.002 ; ps !</div><div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000000&nbsp;</div><div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000</div><div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000</div><div>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000</div>
<div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5</div><div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid</div><div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0</div><div>coulombtype &nbsp; &nbsp; = PME</div><div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0</div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0</div><div>rvdw_switch &nbsp; &nbsp; = 0.9</div>
<div>fourierspacing &nbsp;= 0.12</div><div>fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>fourier_nz &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4</div><div>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1e-5</div><div>optimize_fft &nbsp; &nbsp;= yes</div><div>
Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= V-rescale</div><div>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Tmp1 &nbsp; &nbsp; Tmp2</div><div>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 283.0 &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes</div><div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 283.0</div>
<div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 181726</div><div>freezegrps &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Tmp2</div><div>freezedim &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Y Y Y</div></div><div>++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks very much</div><div>Srinivas.<br>
<div class="ecxgmail_quote">On Wed, Apr 21, 2010 at 10:53 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="ecxgmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">




<div>
Hi,<br><br>I moved this to the user list, so it will be of use to others.<br><br>I have no clue what you are trying to do, what groups you are accelerating or freezing.<br>So we can't help you without further information.<br>
Setting up simulations with frozen groups, accelerate groups or different coupling<br>temperatures is tricky and will in most cases destroy energy conservation.<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Wed, 21 Apr 2010 10:41:25 -0400<br>
Subject: Fwd: [Bug 404] energy increase in nvt and nve simiulations<br>From: <a href="mailto:jampanis@gmail.com">jampanis@gmail.com</a><br>To: <a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a><div>
<div></div><div class="h5"><br><br>Dear Berk,<br><br>Thanks for the reply, based on the suggestions of Justin from 
Mailing list i have tried the simulation in the following way.<br><br>1.
 I have removed the<a name="12820dd117ae2dca_12820cca65690a12_neq"> "acc_grps"</a> option<br>2.
 I have used<a name="12820dd117ae2dca_12820cca65690a12_egexcl"> "energygrp_excl" to avoid
 interaction between non frozen-frozen and frozen-frozen.<br>
<br>Still i have seen some velocity to the frozen atoms (i have printed 
velocities from trajectory) and drift in the energy.<br><br>3. I also 
switched of PBC and used</a><a name="12820dd117ae2dca_12820cca65690a12_el"> "coulombtype</a><a name="12820dd117ae2dca_12820cca65690a12_egexcl"> = different options here"&nbsp; In this case
 i observed that some of the water molecules try to escape from the 
system.<br>
<br><br>But i am not clear about center of mass motion. Should i allow 
to change center of mass with</a> "comm_mode<a name="12820dd117ae2dca_12820cca65690a12_egexcl"> = No" option?<br><br>Could you please 
let me know if you want more details about this? I am still struggling 
with running this simulation.<br>
<br>Thanks for your kind help<br>Srinivas.</a><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>J. Srinivasa Rao <br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>

Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104, USA.<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>

**********************************************<br><br><br>                                               <br></div></div><hr>New Windows 7: Find the right PC for you. <a href="http://windows.microsoft.com/shop">Learn more.</a></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>
J. Srinivasa Rao <br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104, USA.<br>Ph: &nbsp;Off: &nbsp; &nbsp; 215-895-1989<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mob: &nbsp;704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>
</div>                                               <br /><hr />New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Find the right PC for you.</a></body>
</html>