Can you not run pdb2gmx for each of your molecules that you want separate force fields for? Then cat the gro files, renumber and include the molecule types as .itp files in the .top file as below. If I&#39;m doing anything wrong please let me know! :)<br>

<br> ;<br>;    This is your topology file<br>;    &quot;What If None Of Your Dreams Come True ?&quot; (E. Costello)<br>;<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffamber99sb.itp&quot;<br><br>[ atomtypes ] ------------------------------------------------------------------------------------from the top file of the non amber force field<br>

;name  bond_type    mass    charge   ptype          sigma      epsilon<br>CY            CY      0.0000  0.0000  A   3.39967e-01  4.57730e-01<br>O              O      0.0000  0.0000  A   2.95992e-01  8.78640e-01<br>HO            HO      0.0000  0.0000  A   0.00000e+00  0.00000e+00<br>

H1            H1      0.0000  0.0000  A   2.47135e-01  6.56888e-02<br>O2            O2      0.0000  0.0000  A   2.95992e-01  8.78640e-01<br>N              N      0.0000  0.0000  A   3.25000e-01  7.11280e-01<br>H2            H2      0.0000  0.0000  A   2.29317e-01  6.56888e-02<br>

OY            OY      0.0000  0.0000  A   3.00001e-01  7.11280e-01<br>HC            HC      0.0000  0.0000  A   2.64953e-01  6.56888e-02<br>H              H      0.0000  0.0000  A   1.06908e-01  6.56888e-02<br>C              C      0.0000  0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01<br>

OS            OS      0.0000  0.0000  A   3.00001e-01  7.11280e-01<br>CG            CG      0.0000  0.0000  A   3.39967e-01  4.57730e-01<br>OH            OH      0.0000  0.0000  A   3.06647e-01  8.80314e-01<br><br>#include &quot;protein.itp&quot;------------------------------------------------------------------------------------from

 the top file of the amber force field, contains everything usually specified here under [molecule types]. <br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>#ifdef POSRES_CA<br>

#include &quot;CA_posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>#include &quot;trisacc.itp&quot;------------------------------------------------------------------------------------from
 the top file of the non amber force field, contains charges etc.<br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES_trisacc<br>#include &quot;trisacc_posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;ffamber_tip3p.itp&quot;<br>

<br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>   1    1       1000       1000       1000<br>#endif<br><br>; Include generic topology for ions<br>

#include &quot;Na_amber99sb.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>; Name<br>Protein in water<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein_A           1<br>trisacc            1<br>SOL         10697<br>Na          4<br>

<br><br><br><div class="gmail_quote">2010/5/19 you zou <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zou.you@live.com">zou.you@live.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">





<div>
<div>Hi Justin,</div><div><font color="#444444" face="monospace, Verdana, Arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#444444" face="monospace, Verdana, Arial, sans-serif"><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Verdana;"><div style="text-indent: 0in ! important;">

Thank you for your help, But when I run x2top command there is one error that is:</div><div style="text-indent: 0in ! important;"><div style="text-indent: 0in ! important;">&quot;</div><div style="text-indent: 0in ! important;">

<div style="text-indent: 0in ! important;">Can not find forcefield for atom C1-1 with 2 bonds</div><div style="text-indent: 0in ! important;">Can not find forcefield for atom C4-4 with 2 bonds</div><div style="text-indent: 0in ! important;">

...</div></div><div style="text-indent: 0in ! important;">Program x2top, VERSION 4.0.5</div><div style="text-indent: 0in ! important;">Source code file: x2top.c, line: 
 207</div><div style="text-indent: 0in ! important;"><br style="text-indent: 0in ! important;"></div><div style="text-indent: 0in ! important;">Fatal error:</div><div style="text-indent: 0in ! important;">Could only find a forcefield type for 6 out of 24 atoms&quot;</div>

<div style="text-indent: 0in ! important;"><br style="text-indent: 0in ! important;"></div><div style="text-indent: 0in ! important;">I don&#39;t know how can I adjust this error.</div><div style="text-indent: 0in ! important;">

I have one more question again, this command give me a top file, if I want gro file of this pdb (drug that has removed from drug-enzyme complex) how can I do that?</div><div><br></div></div></span></font></div><div class="im">

<span style="font-family: Tahoma,Verdana,Arial,sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);"><pre style="white-space: normal;">you zou wrote:<br>&gt; Dear Users,<br>&gt; <br>&gt; I have one question about Drug-Enzyme Complex,Similar to tutorial If I <br>

&gt;
  want to use GROMOS96 43a1, I can use &quot;Prodrg Beta version&quot; for drug <br>&gt; but If I want to use OPLS-AA/L all-atom force field I can use &quot;Prodrg <br>&gt; Beta version&quot; server too, or not?<br><br>No. You can&#39;t use two different force fields in one simulation system.<br>

<br>&gt; If I can&#39;t use this server, how can I make .gro file and .itp file for <br>&gt; drug that remove from initial .pdb file?<br>&gt; <br><br>There are several programs in the User Contributions from the website, x2top <br>

(which is distributed with Gromacs), or you can build the topology by hand. No <br>matter what you choose, you need a thorough understanding of the mechanics of <br>your chosen force field, methods of validation, and of course Chapter 5 in the <br>

</pre></span><div><span style="font-family: monospace,Verdana,Arial,sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">Gromacs manual.</span></div><div><br></div><div><br><span style="font-family: monospace,Verdana,Arial,sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);"></span></div>

</div><div><div>Thanks</div><div><br></div></div>
                                               <br><hr>Hotmail: Free, trusted and rich email service. <a href="https://signup.live.com/signup.aspx?id=60969" target="_blank">Get it now.</a></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>