Hi Fancy,<br>   The following link shows the change from p-cresol to Toluene. So follow the steps in the same by converting threonine to methionine.<br><br><a href="http://compbio.chemistry.uq.edu.au/education/Free-Energy_Course/0.introduction.html">http://compbio.chemistry.uq.edu.au/education/Free-Energy_Course/0.introduction.html</a><br>
<br>Regards<br>Sai<br><br><div class="gmail_quote">2010/6/5 fancy2012 <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fancy2012@yeah.net">fancy2012@yeah.net</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>Dear GMX users,</div>
<div> </div>
<div>I want to calculate the relative binding free energy between a small molecule binding to a protein of Wild Type and Thr -&gt; Met using TI, so how should I prepare the  topology files of the protein using for TI calculation? Any suggestions will be highly appreciated?</div>

<div> </div>
<div>All the best,</div>
<div>fancy</div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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