Hi there,<div><br></div><div>I mostly use ffamber and sometimes I look in oplsaa to understand how things are implemented in gromacs (4.0.5)</div><div><br></div><div>I have an example here, where 2 atoms, in a phosphate (see <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/File:1-hydrogenphosphate-3D-balls.png">http://en.wikipedia.org/wiki/File:1-hydrogenphosphate-3D-balls.png</a>) in 1-4 interaction that have opposite charges (0.473 x -0.787) and when doing a EM, the H will move towards and basically join one of the Oxygen of the phosphate (coulomb force clearly acting, but no LJ repulsion?).</div>

<div><br></div><div>The definitions in the top file are:</div><div><br></div><div><div><div>[ defaults ]</div><div>; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ</div><div>1               2               yes             0.5     0.8333</div>

</div><div><br></div><div>[ pairs ]</div><div>;   ai     aj    funct</div><div>     1      4      1 ;    HHO - O01   </div><div><br></div>What I was expecting is since I declared the pair 1, 4 in [ pairs ]  and the parameters to be set 0 by omission (or am wrong here?) that such interaction between atoms HHO and O01 shouldn&#39;t happen, but clearly it&#39;s not what I see.</div>

<div><br></div><div>Yet I checked the manual, page 112 in particular.</div><div><br></div><div>It is the first time I come across an example where I have 2 atom in 1-4 interaction with such a large opposite charges.</div>

<div><br></div><div>Is the behaviour I see OK, although apparently rare?</div><div><br></div><div>Many thanks in advance,</div><div><br></div><div>Alan<br>-- <br>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br>

Department of Biochemistry, University of Cambridge. <br>80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br>&gt;&gt;<a href="http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a>&lt;&lt;<br>
</div>