Hi Abdul,<br><br>Could you post your pdb and your command line please? I&#39;ll take a look for you. I think this is a bugzilla as mark suggested but maybe more specifically an amber ports problem.<br><br>Oliver<br><br><div class="gmail_quote">

On 6 July 2010 09:48, abdul wadood <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:wadoodbiochemist@hotmail.com">wadoodbiochemist@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





<div>
Dear gmx-usrs<br><br>Thanks you all for you valuable suggestion. Unfortunately, the problem is still exist.<br>I add the hydrogen to LEU2 but then the error come for the next amino acid.<br><br>I also used the -ignh but the error was same.<br>

<br>I dont understand one thing which is that when I used simply Pro instead of NPRO which is N ternimal amino acid and SER instead of CSER which is C-terminal amino acid in my protein. Then no error come and pdb2gmx produced top file and other file without any error. However, the message come that <br>

<br>N-terminus: none<br>C-terminus: none<br><br>I am using gromacs 4.0.5<br><br>Now, I am in doubt that I am going in the right way or I have to modify PRO with NPRO and SER with CSER.<br><br>Your help in this respect will by highly appreciated.<br>

<br>Thanks in advance<br><br>many regards<br><div class="hm">                                               <br><hr>Hotmail has tools for the New Busy. Search, chat and e-mail from your inbox. <a href="http://www.windowslive.com/campaign/thenewbusy?ocid=PID28326::T:WLMTAGL:ON:WL:en-US:WM_HMP:042010_1" target="_blank">Learn more.</a></div>

</div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>