<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi,</DIV>
<DIV>Our system system administrator configured the software with --MPI option according to the installation instructions. He told me there were lots of warning messages when he did it. My related question is that since there is LAM/MPI out there as well, can GROMACS 4.5&nbsp;be configured with&nbsp;OPENMPI?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks in advance,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Simon Sham&nbsp;<BR><BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px">
<DIV class=plainMail><BR>Hi,<BR>This is the same email that I'd sent yesterday but has not got posted?<BR>Hi,<BR>I have some questions about installation of GROMACS with MPI.<BR>Our system administrator<BR>has installed the 4.5.1 version in our system. When I tested the<BR>software with "openmpi/openmpi-1.3.3-gcc/bin/mpirun" with mdrun_mpi, I<BR>got all sorts of error message such as<BR>"opt/apps/gromacs/gromacs-4.5.1-mpi/bin/mdrun_mpi: Symbol<BR>`ompi_mpi_byte' has different size in shared object, consider<BR>re-linking", and many others.<BR><BR>My questions:<BR>1. When I prepare my system for simulations, do I have to consistently use *_mpi functions in gromacs_4.5.1_mpi directory?<BR>2. Are there any details that I need to pay attention when I configure the software with openmpi?<BR><BR>Thanks for your help in advance.<BR><BR>Best,<BR><BR>Simon Sham<BR><BR><BR><BR><BR>&nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>-------------- next part --------------<BR>An HTML
 attachment was scrubbed...<BR>URL: <A href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100924/2a671694/attachment-0001.html" target=_blank>http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100924/2a671694/attachment-0001.html</A><BR><BR>------------------------------<BR><BR>Message: 3<BR>Date: Fri, 24 Sep 2010 15:18:27 -0400<BR>From: "Justin A. Lemkul" &lt;<A href="http://us.mc367.mail.yahoo.com/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</A>&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] MPI<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="http://us.mc367.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;<BR>Message-ID: &lt;<A href="http://us.mc367.mail.yahoo.com/mc/compose?to=4C9CF983.7010006@vt.edu" ymailto="mailto:4C9CF983.7010006@vt.edu">4C9CF983.7010006@vt.edu</A>&gt;<BR>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1;
 format=flowed<BR><BR><BR>Guess my reply never hit the list, either, but it's in the archive:<BR><BR><A href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-September/054259.html" target=_blank>http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-September/054259.html</A><BR><BR>-Justin<BR><BR>simon sham wrote:<BR>&gt; Hi,<BR>&gt; This is the same email that I'd sent yesterday but has not got posted?<BR>&gt; Hi,<BR>&gt; I have some questions about installation of GROMACS with MPI.<BR>&gt; Our system administrator has installed the 4.5.1 version in our system. <BR>&gt; When I tested the software with "openmpi/openmpi-1.3.3-gcc/bin/mpirun" <BR>&gt; with mdrun_mpi, I got all sorts of error message such as <BR>&gt; "opt/apps/gromacs/gromacs-4.5.1-mpi/bin/mdrun_mpi: Symbol <BR>&gt; `ompi_mpi_byte' has different size in shared object, consider <BR>&gt; re-linking", and many others.<BR>&gt; <BR>&gt; My questions:<BR>&gt; 1. When I prepare my system for
 simulations, do I have to consistently <BR>&gt; use *_mpi functions in gromacs_4.5.1_mpi directory?<BR>&gt; 2. Are there any details that I need to pay attention when I configure <BR>&gt; the software with openmpi?<BR>&gt; <BR>&gt; Thanks for your help in advance.<BR>&gt; <BR>&gt; Best,<BR>&gt; <BR>&gt; Simon Sham<BR>&gt; <BR>&gt; <BR><BR>-- <BR>========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>MILES-IGERT Trainee<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR><A href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target=_blank>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</A><BR><BR>========================================<BR><BR><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table><br>