Oguz,<div><br></div><div>in case you want to try the psfgen patch, it is now available for download on our group website at</div><div><a href="http://cmb.ornl.gov/resources/developments/top-patch-for-psfgen">http://cmb.ornl.gov/resources/developments/top-patch-for-psfgen</a></div>

<div><br></div><div><a href="http://cmb.ornl.gov/resources/developments/top-patch-for-psfgen"></a>Roland<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 30, 2010 at 7:28 PM, Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu">roland@utk.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Oguz,<br><br><div class="gmail_quote"><div class="im">On Thu, Sep 30, 2010 at 4:52 PM, oguz gurbulak <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gurbulakoguz@yahoo.com" target="_blank">gurbulakoguz@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">Dear Dr. Roland Schulz, </span>
</p><p style="text-align:justify;text-indent:35.4pt;margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"> </span>
</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;color:black;font-size:11pt">Thank you very much for your attention. I would like to have a copy of patch that generates gromacs topology from psf file. And could you please explain how to use this patch in detail ? Because I have no information on Pär&#39;s scripts.</span></p>


</td></tr></tbody></table></blockquote></div><div>Do you have standard CHARMM or Amber FF? Than you don&#39;t need to convert the FF because it is already part of GROMACS. </div><div class="im"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><div><br></div>
<p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">I think, In order to continue a NAMD simulation in Gromacs I should first save the last coordinates (.coor file in namd ) as a pdb file and convert it into gro file . But there are many ways to get a gro file</span></p>


</td></tr></tbody></table></blockquote></div><div>no you don&#39;t need to convert the coordinate file or get the last frame. </div><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"> </span>
</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"> </span>
</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">- using pdb2gmx ( but I should choose the force field in gromacs. This may be a problem. ) By the way, I changed CHARMM force field and use Amber type force field in NAMD.</span></p>


</td></tr></tbody></table></blockquote></div><div>Don&#39;t understand what you mean? Do you use CHARMM or Amber FF? If it is a standard molecule (e.g. protein), it will be much easier to just use pdb2gmx to generate the topology.</div>

<div class="im">
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt">


<font face="Arial" size="7"><span style="font-size:25px"><br></span></font></p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">Could you share your ideas about this process ? What should I do ?</span><span style="font-size:small"> </span></p>


</td></tr></tbody></table></blockquote></div><div>You would just do everything the same way as setting up a new simulation and use the last frame as starting structure. Make sure you use a structure which includes both coordinates and velocities. </div>

<div class="im">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt">



</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"></span><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"><span>  </span>Is there a way to get a tpr file from NAMD files? </span> </p>


</td></tr></tbody></table></blockquote></div><div>No. Not automatically. You need to get all the input files (grompp.mdp, topol.top, conf.gro) and then run grompp to generate your tpr.</div><div><br></div><div>Roland </div>

<div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt"> </span>
</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">  </span>
</p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:11pt">Kind regards.</span>
</p><p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"> </font>
</p><p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"> </font>
</p><p style="margin:0cm 0cm 0pt"><span><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;;font-size:10.5pt">Oguz</span></span><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;;font-size:10.5pt"> GURBULAK Ph.D. Student<br>Ege University - Faculty of Science<br>


<span>Department of Physics </span><br>Branch of Atomic and <span>Molecular Physics</span></span>
</p><p style="margin:0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"> </font>
</p><div> </div><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p></td>


</tr></tbody></table><br>







      </blockquote></div></div><font color="#888888"><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>


</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>