<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div><br></div><div><blockquote type="cite">Date: Fri, 1 Oct 2010 16:27:29 +0100<br>From: Thomas Piggot &lt;<a href="mailto:t.piggot@soton.ac.uk">t.piggot@soton.ac.uk</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] charmm c36 lipids<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:4CA5FDE1.8050309@soton.ac.uk">4CA5FDE1.8050309@soton.ac.uk</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="ISO-8859-1"; format=flowed<br></blockquote><br><blockquote type="cite">For a POPC bilayer then both your and my files produce the same tpr's&nbsp;<br>(checked both with gmxcheck and gmxdump). This is pleasing as I not only&nbsp;<br>scripted the conversions but did some parts by hand! I shall check the&nbsp;<br>other lipids to make sure that there are no discrepancies in these.<br></blockquote><div>Good!</div><br><blockquote type="cite"><br>Also for my files I have included the bonded and non-bonded parameters&nbsp;<br>with parameters from CHARMM27 so as to allow simulations in water and&nbsp;<br>with proteins. I want to re-check these before contributing the&nbsp;<br>forcefield to the website, so it will probably be next week before I&nbsp;<br>upload it. Just to let you know I will use your lipids.rtp as it has the&nbsp;<br>atoms in separate charge groups so as to avoid having to use&nbsp;<br>-nochargegrp with pdb2gmx, whilst mine doesn't. I hope this is fine with&nbsp;<br>you.<br></blockquote><div>For sure it is but you should be aware (and I think you are, since you were involved in the September discussion about this) that GROMACS does not treat charge groups as CHARMM does. See messages with subject&nbsp;"ARG Charmm gmx 4.5.1" (seems like the gmx-mailing list db is down so cannot provide you with a direct link).&nbsp;</div><div><br></div><div>/Pär</div><div><br></div><br><br></div></body></html>