I checked the initial coordinate file for overlapping atoms, but nothing found.<br>I checked the step*.pdb file written after each crash but did not really understand those coordinates, for the problematic molecules have MORE THAN 1 positions in those files. what does that mean?<br>
<br>I tried to reproduce the error on another computer, and it could be reproduced.<br><br>I think I should check the initial coordinate more thoroughly to find all likely problematic points. Would you please recommend a way for me to do that check?<br>
<br>Thanks<br>Trang<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 30, 2010 at 5:38 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
Trang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear gmx-users,<br>
I do a minimization run with this mdp:<br>
constraints         =  none<br>
;define              =  -DFLEX_SPC<br>
integrator          = cg<br>
;nstcgsteep         = 300<br>
emtol               =  100.0<br>
emstep              =  0.005<br>
dt                  =  0.001    ; ps !<br>
nsteps              =  200000  ; total 200 ps.<br>
nstcomm             =  100<br>
nstxout             =  10000<br>
nstvout             =  0<br>
nstfout             =  0<br>
nstlog              =  10000<br>
nstenergy           =  1000<br>
nstlist             =  10<br>
ns_type             =  grid<br>
rlist               =  1.0<br>
rcoulomb            =  1.0<br>
rvdw                =  1.0<br>
coulombtype         =  PME ; Reaction-Field<br>
fourierspacing      =  0.12<br>
pme_order           =  4<br>
optimize_fft        =  yes<br>
;epsilon_r           =  1.0<br>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
Tcoupl              =  berendsen<br>
tc-grps             =  Protein  SOL<br>
tau_t               =  0.01    0.01<br>
ref_t               =  310     310<br>
; Energy monitoring<br>
energygrps          =  Protein SOL<br>
; Isotropic pressure coupling is now on<br>
Pcoupl              = berendsen<br>
Pcoupltype          = isotropic<br>
tau_p               =  0.25<br>
compressibility     =  5.4e-5<br>
ref_p               =  1.0<br>
; Generate velocites is off at 300 K.<br>
gen_vel             =  no<br>
;gen_temp            =  300.0<br>
;gen_seed            =  749261<br>
and get the error, output like this:<br>
Polak-Ribiere Conjugate Gradients:<br>
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+02<br>
   Number of steps    =       200000<br>
   F-max             =  4.69437e+04 on atom 2513<br>
   F-Norm            =  1.05294e+03<br>
step -1: Water molecule starting at atom 43372 can not be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br>
Fatal error:<br>
1 particles communicated to PME node 4 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.<br>
This usually means that your system is not well equilibrated.<br>
I did a successful run with another equivalent system (same protein sequence, same number of atoms), even with a LARGER TIMESTEP, 0.002 ps<br>
I found a lot of people encounter the same error, but in production run step. And in those cases, they&#39;re advised to minimize/equilibrate the system more thoroughly. What can I do to resolve this problem in MINIMIZATION step?<br>

You likely have some unresolvable atomic clash(es) in your system that can&#39;t be energy-minimized.  Check your structure around the location of the problematic water molecule to see if anything is overlapping.<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Many thanks<br>
-- <br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
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