Hello Justin,<br><br>Thanks a lot for the reply.<br>Yes, I am using GROAMCS 4.5 and my system consists of two chains of two proteins, a substrate and an inhibitor solvated in water. So can you please tell me what should be the values for:<br>
<h4 style="font-weight: normal;"><a name="free">couple-moltype</a></h4><h4 style="font-weight: normal;"><a name="free"></a></h4><h4 style="font-weight: normal;"><a name="free">couple-lambda0</a></h4><h4 style="font-weight: normal;">
<a name="free"></a></h4><h4 style="font-weight: normal;"><a name="free">couple-intramol</a></h4><h4 style="font-weight: normal;"><a name="free"></a>Thanks a lot again.<br></h4><div class="gmail_quote"><br><br>Regards,<br>
<br>Anirban<br><br>On Sat, Nov 27, 2010 at 9:15 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Hi ALL,<br>
<br>
I am trying to run free energy calculation and for that in the md.mdp file I am keeping the following option:<br>
<br>
; Free energy control stuff<br>
free_energy     = yes<br>
init_lambda     = 0.0<br>
delta_lambda    = 0<br>
sc_alpha        =0.5<br>
sc-power        =1.0<br>
sc-sigma        = 0.3<br>
<br>
<br>
But still I find that in my log file the values for dVpot/dlambda is always coming to be zero.<br>
What I am doing wrong?<br>
Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
You haven&#39;t indicated your Gromacs version, but assuming you&#39;re using something in the 4.x series, you&#39;re not specifying the necessary parameters to do any sort of transformation, particularly couple_lambda0 and couple_lambda1.  If left at their default values (vdw-q), nothing gets decoupled.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Regards,<br>
<br>
Anirban<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>