<div><br clear="all"><br>Dear Sir,</div>
<div>               I have simulated my protein ligand complex without using PME but with cut-off as  coulombtype parameter. With g_energy command I am getting the value of non-bonded interactions as follows:</div>
<div>
<table style="WIDTH: 240pt; BORDER-COLLAPSE: collapse" cellspacing="0" cellpadding="0" width="320" border="0">
<colgroup>
<col style="WIDTH: 48pt" span="5" width="64">
<tbody>
<tr style="HEIGHT: 12.75pt" height="17">
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; WIDTH: 48pt; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; HEIGHT: 12.75pt; BACKGROUND-COLOR: transparent" width="64" height="17"><font size="2">Interaction</font></td>

<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; WIDTH: 48pt; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" width="64"><font size="2">LJ-SR  </font></td>
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; WIDTH: 48pt; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" width="64"><font size="2">    LJ-LR</font></td>
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; WIDTH: 48pt; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" width="64"><font size="2">   Coul-SR</font></td>
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; WIDTH: 48pt; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" width="64"><font size="2">    Coul-LR</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 12.75pt" height="17">
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; HEIGHT: 12.75pt; BACKGROUND-COLOR: transparent" height="17"><font size="2">P+L(bound)</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-113.2000</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-8.1800</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-15.0650</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">6.7500</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 12.75pt" height="17">
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; HEIGHT: 12.75pt; BACKGROUND-COLOR: transparent" height="17"><font size="2">L+S(bound)</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-93.4900</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-10.2900</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-18.5400</font></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right"><font size="2">-2.2700</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 12.75pt" height="17">
<td style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; HEIGHT: 12.75pt; BACKGROUND-COLOR: transparent" height="17">
<p><font size="2">L+S(free)</font></p></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right">
<p><font size="2">-155.3160</font></p></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right">
<p><font size="2">-14.0290</font></p></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right">
<p><font size="2">-31.7500</font></p></td>
<td class="xl22" style="BORDER-RIGHT: #f0f0f0; BORDER-TOP: #f0f0f0; BORDER-LEFT: #f0f0f0; BORDER-BOTTOM: #f0f0f0; BACKGROUND-COLOR: transparent" align="right">
<p><font size="2">-3.4600</font></p></td></tr></tbody></colgroup></table></div>
<div>And I calculated the binding energy through LIE and I got binding energy= -5.17 Kj/mol. I need the value in Kcal/mol. And after converting the valu in Kcal/mol, its a very small value of -1.23 Kcal/mol.I think its not a correct value. Am I getting the right values for the non-bonded Intearctions? Or I should get higher values (for LJ and Coul). I am unable to understand what fault I am doing? Please help me out.</div>

<div> </div>
<div>Your&#39;s sincerely</div>
<div>Devawati Dutta</div>