hello<div><br></div><div>Now it is almost clear what happened. When couple-intramol is no (default), all pairwise vdm and charge interaction becomes bonded interaction.</div><div><span style="font-family:Helvetica;font-size:10.8333px"><br>


</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><br>

</span></font></span></font></div>
<div><span style="font-family:Helvetica;font-size:10.8333px">All intra-molecular non-bonded interactions for moleculetype couple-moltype</span></div>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica">are replaced by exclusions and explicit pair interactions. In this manner the decoupled</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica">state of the molecule corresponds to the proper vacuum state without periodicity</p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica">effects.</p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica"><br></p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: small; ">But there is still one thing I don&#39;t fully understand. Mdrun will complain &quot;Warning: 1-4 interaction between 1 and 114 at distance 2.035 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm&quot;. I guess is that every pair wiii have 1-4 interaction because every pair (except exclusion) becomes bonded interaction. These fake 1-4 are not calculated as an 1-4 interaction so that I can neglect this warning, right?</span></p>

<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: small; "><br></span></p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica">

<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: small; ">thanks.</span></p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica"><font class="Apple-style-span" face="arial"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><br>

</span></font></p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px;font:11.0px Helvetica"><font class="Apple-style-span" face="arial"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;">dawei</span></font></p>