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<body class='hmmessage'>Indeed I did<br><br>DGO&nbsp;&nbsp;DNA<br><br>Cheers<br><br>Will<br><br>> Date&#58; Fri, 11 Feb 2011 17&#58;57&#58;32 &#43;0100<br>> Subject&#58; RE&#58; &#91;gmx-users&#93; Add custom residue to DNA index group<br>> From&#58; dsarath&#64;gwdg.de<br>> To&#58; gmx-users&#64;gromacs.org<br>> <br>> &#62;<br>> &#62; Thanks for the quick reply,<br>> &#62;<br>> &#62; I have already done that, and GROMACS, in all other cases, knows it is<br>> &#62; DNA, as it automatically forms the bonds with other residues.<br>> &#62;<br>> &#62; it is only when it makes its index files that it doesnt know that my<br>> &#62; residue is DNA.<br>> &#62;<br>> <br>> Did you make the change in residuetypes.dat file.<br>> add your residues XXX as DNA in the residuetypes.dat file<br>> <br>> eq&#58; XXX  DNA<br>> <br>> <br>> <br>> Best Wishes,<br>> <br>> Sarath<br>> &#62; Cheers<br>> &#62;<br>> &#62; Will<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62; Date&#58; Sat, 12 Feb 2011 03&#58;33&#58;15 &#43;1100<br>> &#62; From&#58; Mark.Abraham&#64;anu.edu.au<br>> &#62; To&#58; gmx-users&#64;gromacs.org<br>> &#62; Subject&#58; Re&#58; &#91;gmx-users&#93; Add custom residue to DNA index group<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;     Message body<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;     On 12/02/2011 3&#58;14 AM, william Stebbeds wrote&#58;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       Hi Folks,<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       I have added a custom DNA residue to the amber99sb ff, and<br>> &#62;       everything works perfectly, &#40;thanks to Justin&#33;&#41;.<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       The residue is incorporated perfectly into the sequence, with no<br>> &#62;       abnormal events during simulations. I have updated all the files<br>> &#62;       to include the new residue.<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       I have since realised, when using g_rms, that my custom residue is<br>> &#62;       not included in the default DNA index group, and appears as a<br>> &#62;       group on its own.<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       Is  there a way of making gromacs understand that this residue is<br>> &#62;       DNA when it makes the index files&#63;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       I am not using make_ndx, I just let gromacs split the groups.<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       Thanks in advance<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;       Will - Cranfield University<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;     You need to arrange for the tools to access a modified form of<br>> &#62;     share/gromacs/top/residuetypes.dat with your custom residue suitably<br>> &#62;     classified. I understand you can copy that file to your working<br>> &#62;     directory and modify it there, and GROMACS will use the local copy.<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;     Mark<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62;<br>> &#62; --<br>> &#62; gmx-users mailing list    gmx-users&#64;gromacs.org<br>> &#62; http&#58;//lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>> &#62; Please search the archive at<br>> &#62; http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting&#33;<br>> &#62; Please don&#39;t post &#40;un&#41;subscribe requests to the list. Use the<br>> &#62; www interface or send it to gmx-users-request&#64;gromacs.org.<br>> &#62; Can&#39;t post&#63; Read http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>> &#62; --<br>> &#62; gmx-users mailing list    gmx-users&#64;gromacs.org<br>> &#62; http&#58;//lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>> &#62; Please search the archive at<br>> &#62; http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting&#33;<br>> &#62; Please don&#39;t post &#40;un&#41;subscribe requests to the list. Use the<br>> &#62; www interface or send it to gmx-users-request&#64;gromacs.org.<br>> &#62; Can&#39;t post&#63; Read http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>> <br>> <br>> <br>> -- <br>> gmx-users mailing list    gmx-users&#64;gromacs.org<br>> http&#58;//lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>> Please search the archive at http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting&#33;<br>> Please don&#39;t post &#40;un&#41;subscribe requests to the list. Use the <br>> www interface or send it to gmx-users-request&#64;gromacs.org.<br>> Can&#39;t post&#63; Read http&#58;//www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               </body>
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