<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 12/02/2011 7:07 PM, Tsjerk Wassenaar wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=zyAtNG5axkdQ0py7fRWGv1hfPV0K4ReTnT7gg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <p>Hi,</p>
      <p>The error message says the number of atoms in the first frame
        is not what was expected. That indicates the reference structure
        didn't match, which suggests the pdb file with the fitted
        structures wasn't used as reference. Solution: give the fitted
        structures both as reference (-s) and as trajectory (-f) with
        trjconv.</p>
    </blockquote>
    <br>
    From the contents of the .pdb file the OP posted, I think the
    different number of atoms in each PDB model is a feature/bug of
    g_confrms. The documentation doesn't make clear what the output
    should be, however.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=zyAtNG5axkdQ0py7fRWGv1hfPV0K4ReTnT7gg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <p>Cheers,</p>
      <p>Tsjerk</p>
      <blockquote type="cite">On Feb 12, 2011 2:19 AM, "Mark Abraham"
        &lt;<a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;
        wrote:<br>
        <br>
        <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
          <p><font color="#500050">On 12/02/2011 3:45 AM, Kwee Hong
              wrote:
              &gt;
              &gt; Hi Mark,
              &gt;
              &gt; I tried but with this error:
              &gt;
              &gt; Fatal erro...</font></p>
          OK. I don't know why two frames with different numbers of
          atoms are written. Maybe g_confrms -one is useful. Or you can
          chop apart the PDB by hand in a text editor.<br>
          <font color="#888888"> <br>
            Mark</font>
          <p><font color="#500050">
              &gt; ________________________________
              &gt; From: Mark Abraham &lt;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;
&gt;
              To: Discussion...</font></p>
        </div>
        <br>
        --<br>
        gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        <a moz-do-not-send="true"
          href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
          target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
          href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
          target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
        before posting!<br>
        Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
        Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
          href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
          target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>