<div dir="ltr">


        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.0  (Unix)"><meta name="AUTHOR" content="gavrilov"><meta name="CREATED" content="20110310;10344500"><meta name="CHANGEDBY" content="gavrilov"><meta name="CHANGED" content="20110313;12475100">
        
        
        
        
        
        
        <style>
        <!--
                @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0in;">Thank you!</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">I use the correct O in Gly
according to .rtp and I checked it with vmd. There is really a new
isopeptide bond. When there is no bond, after minimization and
equilibration, Gly and Lys just close to each other but they are not
connected (in vmd). In my case they are connected (in vmd, pymol).   
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">When I look on step...pdb, one these
residues is exploded (it&#39;s atoms are far from each other outside of
the water box).</p>
<br><br><div class="gmail_quote">2011/3/13 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff"><div class="im">
    On 13/03/2011 8:55 PM, Yulian Gavrilov wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">
        
        
        
        
        
        
        
        
        <p style="margin-bottom: 0in;">Dear gmx users,</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">I just started with gromacs.</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> Can you help me to find my
          mistake? I
          already asked about it, but I did not understand what to do
          exactly
          in my case.</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">I try to run to add a new <b>isopeptide
            bone</b> to connect Lys and Gly (to make a tetramer of <b>ubiquitin</b>).
I
          use AMBER99 force field, Gromacs 4.0.5.</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">What I did:</p>
        <ol>
          <li>
            <p style="margin-bottom: 0in;">I changed names of residues
              according to AMBER rules (LYS to LYN etc.). </p>
          </li>
          <li>
            <p style="margin-bottom: 0in;">Added new type of residues to
              ffamber.rtp (LYN -&gt; LYQ and GLY -&gt; GLQ that are
              making a new isopeptide bond) and added a new line to
              specbond.dat (LYN NZ 1 GLY C 1 0.13 LYQ GLQ) to make such
              a bond.</p>
          </li>
        </ol>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div>
    IIRC, this creates a bond between the lysine side-chain amine N and
    glycine *backbone* carbonyl C. You must use the atom name for the
    side-chain carbonyl carbon (see .rtp entry for GLY). If you&#39;ve done
    this wrong, then specbond will probably not have made a bond,
    because the backbone carbonyl C was too far away. You should check
    your pdb2gmx output carefully.<div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">
        <ol>
          <li> <br>
          </li>
          <li>
            <p style="margin-bottom: 0in;">Added new bond type, angle
              type and dihedral type to ffamber99bon.itp</p>
          </li>
        </ol>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><br>
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">After running of MD (I&#39;ve got
          good
          minimization and equilibration  nvt and npt) I&#39;ve got such an
          error:</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><br>
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">starting
            mdrun &#39;Protein in water&#39;</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">600000
            steps, 1200.0 ps.</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">step
            94100, will finish Sun Mar 13 08:15:56 2011</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">Step
            94124, time 188.248 (ps) LINCS WARNING</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">relative
            constraint deviation after LINCS:</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">rms
            0.000796, max 0.032792 (between atoms 2454 and 2456)</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">bonds
            that rotated more than 30 degrees:</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">atom
            1 atom 2 angle previous, current, constraint length</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2457 35.6 0.1522 0.1545 0.1522</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><br>
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">And
            after it the same type of errors with another atoms:</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2456 36.1 0.1106 0.1113 0.1090 <font size="3">--&gt;

              <b>Gly CA and HA1, HA2</b></font></font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2455 40.5 0.1114 0.1103 0.1090</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">.....</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2456 90.0 0.1078 0.1479 0.1090</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">771 773 48.5 0.1011 0.1012 0.1010</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">......</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">771 773 39.8 0.1012 0.1005 0.1010 -<font size="3">-&gt;

              <b>Gly NZ and HZ1, HZ2</b></font></font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">771 772 34.9 0.1012 0.1030 0.1010</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">.......
          </font>
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"><font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2457 102.1 0.1490 38312886396780544.0000
            0.1522</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;"> <font style="font-size: 9pt;" size="2">2454 2456 83.0 5.9313 39290317874135040.0000 0.1090</font></p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">.......</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">First errors are with atoms from
          the
          residues with <b>new isopeptide bond</b>. I suppose, that
          this bond
          is not good.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div>
    Seems like a reasonable hypothesis - but do look at 2454 and 2456 as
    well. You have to get out your trajectory and a visualization
    package and see what is actually going wrong. The warnings can be
    symptomatic of a problem that started elsewhere.<br>
    <br>
    You say you&#39;ve added new interaction types, but I see no reason why
    you would need to. It&#39;s chemically so similar to a backbone peptide
    that you may as well keep things the same and model it the same way.
    Regardless, you should probably check that the specbond.dat
    mechanism has created interactions that make sense. Compare with a
    normal peptide bond.<br><font color="#888888">
    <br>
    Mark</font><div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">
        <p style="margin-bottom: 0in;">Please can you advice me how yo
          make
          this isopeptide bond good?</p>
        <p style="margin-bottom: 0in;">Can I just remove this hydrogens?</p>
        <br>
        -- <br>
        <div dir="ltr">
          <p style="margin-bottom: 0in;">Sincerely,</p>
          <p style="margin-bottom: 0in;">Yulian Gavrilov </p>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list  <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><p style="margin-bottom: 0in;">
Sincerely,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Yulian Gavrilov 
</p></div><br>
</div>