<div dir="ltr">Dear, Mark<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.0  (Unix)"><meta name="AUTHOR" content="gavrilov"><meta name="CREATED" content="20110314;9335600"><meta name="CHANGEDBY" content="gavrilov"><meta name="CHANGED" content="20110314;9564900">
        
        
        
        
        
        
        <style>
        <!--
                @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0in;">You asking about this (?): 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">According to ffamber99.atp:</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">amber99_34        14.01000         N  sp2
nitrogen in amide groups</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">amber99_39        14.01000         N3  sp3 N
for charged amino groups (Lys, etc)</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">If I don&#39;t mix, N is used in
peptide bond in amber99 and N3 is used in Lys side chain. That
is why I didn&#39;t use backbone peptide.</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><b>[atoms] and [bonds] section for LYQ
and GLQ in topol.top </b><br><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">[ atoms ]</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">;   nr       type  resnr residue  atom 
 cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   750 amber99_34     48    LYQ      N 
  748    -0.4157      14.01   ; qtot -5.416</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   751 amber99_17     48    LYQ      H 
  749     0.2719      1.008   ; qtot -5.144</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   752 amber99_11     48    LYQ     CA 
  750   -0.07206      12.01   ; qtot -5.216</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   753 amber99_19     48    LYQ     HA 
  751     0.0994      1.008   ; qtot -5.116</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   754 amber99_11     48    LYQ     CB 
  752   -0.04845      12.01   ; qtot -5.165</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   755 amber99_18     48    LYQ    HB1 
  753      0.034      1.008   ; qtot -5.131</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   756 amber99_18     48    LYQ    HB2 
  754      0.034      1.008   ; qtot -5.097</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   757 amber99_11     48    LYQ     CG 
  755    0.06612      12.01   ; qtot -5.031</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   758 amber99_18     48    LYQ    HG1 
  756    0.01041      1.008   ; qtot -5.02</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   759 amber99_18     48    LYQ    HG2 
  757    0.01041      1.008   ; qtot -5.01</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   760 amber99_11     48    LYQ     CD 
  758   -0.03768      12.01   ; qtot -5.048</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   761 amber99_18     48    LYQ    HD1 
  759    0.01155      1.008   ; qtot -5.036</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   762 amber99_18     48    LYQ    HD2 
  760    0.01155      1.008   ; qtot -5.025</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   763 amber99_11     48    LYQ     CE 
  761    0.32604      12.01   ; qtot -4.699</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   764 amber99_28     48    LYQ    HE1 
  762   -0.03358      1.008   ; qtot -4.732</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   765 amber99_28     48    LYQ    HE2 
  763   -0.03358      1.008   ; qtot -4.766</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   766 amber99_39     48    LYQ     NZ 
  764   -1.03581      14.01   ; qtot -5.801</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   767 amber99_17     48    LYQ    HZ1 
  765    0.38604      1.008   ; qtot -5.415</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   768 amber99_17     48    LYQ    HZ2 
  766    0.38604      1.008   ; qtot -5.029</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   769  amber99_2     48    LYQ      C 
  767     0.5973      12.01   ; qtot -4.432</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">   770 amber99_41     48    LYQ      O 
  768    -0.5679         16   ; qtot -5</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2440 amber99_34    152    GLQ      N 
 2438    -0.4157      14.01   ; qtot -12.42</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2441 amber99_17    152    GLQ      H 
 2439     0.2719      1.008   ; qtot -12.14</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2442 amber99_11    152    GLQ     CA 
 2440    -0.0252      12.01   ; qtot -12.17</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2443 amber99_19    152    GLQ    HA1 
 2441     0.0698      1.008   ; qtot -12.1</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2444 amber99_19    152    GLQ    HA2 
 2442     0.0698      1.008   ; qtot -12.03</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2445  amber99_2    152    GLQ      C 
 2443     0.5973      12.01   ; qtot -11.43</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  2446 amber99_41    152    GLQ      O 
 2444    -0.5679         16   ; qtot -12</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">[ bonds ]</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">;  ai    aj funct            c0        
   c1            c2            c3</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  750   751     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  750   752     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  752   753     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  752   754     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  752   769     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  754   755     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  754   756     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  754   757     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  757   758     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  757   759     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  757   760     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  760   761     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  760   762     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  760   763     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  763   764     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  763   765     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  763   766     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  766   767     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  766   768     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  766  2445     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  769   770     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">  769   771     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2440  2441     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2440  2442     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2442  2443     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2442  2444     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2442  2445     1 
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"> 2445  2446     1 
</p>
<br>-- <br><div dir="ltr"><p style="margin-bottom: 0in;">Sincerely,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Yulian Gavrilov 
</p></div><br>
</div>