<br /><br /><span>On 17/03/11, <b class="name">bipin singh </b> &lt;bipinelmat@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><font face="Arial"><font size="3"><pre>I have some questions regarding editconf:<br /><br />1)If we did'nt mentioned -box parameters,the <b>default vectors are 0 0 0</b>, why it is zero and what does it mean?</pre></font></font></div></blockquote><br />It means no box is defined.<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><font face="Arial"><font size="3"><pre>2)How to determine distance between the solute and the box, is it appropriate to take it 0.9 nm for<br />
a globular protein of 179 amino acids.<br />After running editconf using the command<br /><b>editconf -bt cubic -f 1.pdb -o 2.pdb -c -d 0.9</b></pre></font></font></div></blockquote><br />At a minimum, you want no solvent atom to be able to see two images of your solute. So depending on your rcoulomb/rvdw/rlist regime, you are probably at the minimum that would be reasonable. If your globular protein expands at all, or can uncoil some loops, you might not have a sound model.<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><font face="Arial"><font size="3"><pre><br /></pre></font></font><span style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">I got the following output:<br />
<br style="color: rgb(0, 0, 0);" /></span><span style="color: rgb(0, 0, 0);">Read 3256 atoms</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">Volume: 515.892 nm^3, corresponds to roughly 232100 electrons</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">No velocities found</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">    system size :  4.217  4.721  4.631 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">    diameter      :  5.270               (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">    center          :  1.974  2.562  0.035 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">    box vectors  :  7.602  7.602 10.309 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">    box angles   :  90.00  90.00 120.00 (degrees)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">    box volume  : 515.89               (nm^3)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">    shift            :  1.562  0.973  3.500 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">new center       :  3.535  3.535  3.535 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">new box vectors :  7.070  7.070  7.070 (nm)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">new box angles  :  90.00  90.00  90.00 (degrees)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">new box volume  : 353.45               (nm^3)</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><br /><span style="color: rgb(0, 0, 0);">I have some question regarding this output:</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);" />
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">1)Why new box volume decreased?And what does it mean?</span></span></div></blockquote><br />The old box was bigger. Have a look at the relevant part of your input file.<br /><br style="color: rgb(0, 0, 0);" /><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">2)Why the new length of box vectors decreased?And what does it mean?</span></span></div></blockquote><br />You implicitly told it a cubic box size you wanted with the -d flag, i.e. the size of protein plus the margin of 0.9nm. Whether that's a decrease is not relevant.<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">
3)How gromacs assign vectors length?If not provided in the editconf command.</span></span></div></blockquote><br />See above.<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTi=cgSHt+yLp+aN-uewvJ3N+K0e=iRc725+s87-3@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">4)How gromacs place solvent inside the box(genbox) , I mean using which method and how gromacs determine the the number of solvent to be placed inside the box.</span></span></div></blockquote><br />See genbox -h.<br /><br />Mark