<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Certain options require an amount of memory that is proportional to
    na x nd x t, where na and nd are number of acceptors and donors, and
    t is time. You need more memory. Or you could do your calculation
    for a subset of your solvent.<br>
    <br>
    Erik<br>
    <br>
    Chandan Choudhury skrev 2011-04-13 13.29:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTinkg3cSCGQ56jOP3U6oEi5F2UahVQ@mail.gmail.com"
      type="cite">I missed my Gromacs version. It's 4.0.7<br clear="all">
      <br>
      --<br>
      Chandan kumar Choudhury<br>
      NCL, Pune<br>
      INDIA<br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Wed, Apr 13, 2011 at 4:58 PM, Chandan
        Choudhury <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:iitdckc@gmail.com">iitdckc@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          Hello gmx-users !!<br>
          <br>
          I tried using g_hbond tool to analyse h-bonds on my system. I
          could successfully execute the tool for two of my systems. But
          the third system should the memory problem. Below I have
          pasted my command and its output.<br>
          &nbsp;<br>
          <i><b>$ g_hbond -s ../md0-20.tpr -f 40-50.trr -n index_2.ndx
              -num hbnum.xvg -dist hbdist.xvg -ang hbang.xvg -life
              hblife.xvg -nice 0 -xvgr<br>
            </b><br clear="all">
            No option -sel<br>
            Reading file ../md0-20.tpr, VERSION 4.0.7 (single precision)<br>
            Specify 2 groups to analyze:<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 95687 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HNP) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PE) has&nbsp;&nbsp; 192 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HP) has&nbsp;&nbsp; 216 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPE) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 95235 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25 elements<br>
            Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N_H) has&nbsp;&nbsp; 126 elements<br>
            Select a group: 5<br>
            Selected 5: 'SOL'<br>
            Select a group: 7<br>
            Selected 7: 'N_H'<br>
            Checking for overlap in atoms between SOL and N_H<br>
            Calculating hydrogen bonds between SOL (95235 atoms) and N_H
            (126 atoms)<br>
            Found 31795 donors and 31795 acceptors<br>
            <br>
            -------------------------------------------------------<br>
            Program g_hbond, VERSION 4.0.7<br>
            Source code file: smalloc.c, line: 147<br>
            <br>
            Fatal error:<br>
            Not enough memory. Failed to calloc 31795 elements of size 4
            for hb-&gt;hbmap[i]<br>
            (called from file gmx_hbond.c, line 186)<br>
            -------------------------------------------------------<br>
            <br>
            "I Solve Problems" (Pulp Fiction)<br>
            : Cannot allocate memory<br>
            Making hbmap structure...</i><br>
          <br>
          <br>
          Kindly help.<br>
          <font color="#888888"><br>
            --<br>
            Chandan kumar Choudhury<br>
            NCL, Pune<br>
            INDIA<br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------
Erik Marklund, PhD student
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se/">http://folding.bmc.uu.se/</a>
</pre>
  </body>
</html>