<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 3/05/2011 7:13 PM, Geethu Issac wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTikua9kb=6uY6rwGfi_EC5A0bFJJDQ@mail.gmail.com"
      type="cite"><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size:
        13px; border-collapse: collapse;">Hello Users,<br>
        <br>
        I
        am a final year project student.I am doing simulation of
        gangliosdie
        gm1 using gromacs 4.5.4. I am encountering an error in the
        energy
        minimisation step(grompp -f ions.mdp -c gm1_solv.gro -p gm12.top
        -o
        ions.tpr) saying<br>
        <br>
        <b><br>
          -------------------------------------------------------<br>
          Program grompp, VERSION 4.5.4<br>
          Source code file: topio.c, line: 653<br>
          <br>
          Fatal error:<br>
          Syntax error - File ffgmxnb.itp, line 1<br>
          Last line read:<br>
          '[ atomtypes ]'<br>
          Invalid order for directive atomtypes<br>
          For more information and tips for troubleshooting, please
          check the GROMACS<br>
          website at&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors"
            style="color: rgb(0, 101, 204);" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
          -------------------------------------------------------<br>
        </b><br>
        The
        pdb file i have downloaded from 3DSDSCAR. I tried several times
        with
        the same but am encountering the same error.Can anyone&nbsp; please
        give me&nbsp;
        some guidelines or solution for the same.<br>
      </span></blockquote>
    <br>
    Did you follow that link and see what it has to say about this
    frequently-occurring problem?<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>