<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">&gt; So my questions are: how to convert it in the gromacs format ?<br>I haven't done AMBER to GROMACS conversions. But a google search led me to this page. It's just a matter of knowing the different formats.<br>
http://ffamber.cnsm.csulb.edu<br><br>&gt; Is it correct to use the absolute value of the multiplicity in my 
parameters and use the negative values of barrier heights when they are 
exist in the AMBER parameters? Since, I have noticed that in the AMBER 
ff port in GROMACS, the multiplicity values are always set to &gt; 0 
and&nbsp;  the barrier heights have sometime a negative value.<br><br><br><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div id="yiv241339293">So my questions are: how to convert it in the gromacs format ?  Is it correct to use the absolute value of the multiplicity in my parameters and use the negative values of barrier heights when they are exist in the AMBER parameters? Since, I have noticed that in the AMBER ff port in GROMACS, the multiplicity values are always set to &gt; 0 and&nbsp;  the barrier heights have sometime a negative value.<br>
<br>Thank you again for your advice.<br><br>SA-<br><br><br><br><div class="yiv241339293gmail_quote"><blockquote class="yiv241339293gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Message: 1<br>
Date: Tue, 19 Jul 2011 11:08:55 -0700 (PDT)<br>
From: "Austin B. Yongye" &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:ybausty@yahoo.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=ybausty@yahoo.com">ybausty@yahoo.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Conversion of the GLYCAM dihedral parameters<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;in the &nbsp;GROMACS format.<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:1311098935.93905.YahooMailClassic@web161426.mail.bf1.yahoo.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=1311098935.93905.YahooMailClassic@web161426.mail.bf1.yahoo.com">1311098935.93905.YahooMailClassic@web161426.mail.bf1.yahoo.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
It is normal to have combinations of negative and positive values for the barrier heights. Those are just the best coefficients to reproduce some QM rotational energy curve during the parameterization.&nbsp; The negative periodicities are a convention from AMBER. They simply indicate that the dihedral angle potential has more than one term. For your example below:<br>

<br>
O2-P<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-OS-CP&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimethyl phosphate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
-3, -2 and 1 signify V3, V2 and V1 terms, respectively. Once a positive value is reached, terms for the O2-P-OS-CP potential have been completely accounted for.<br>
<br>
Hope that helps.<br>
Austin-<br>
<br>
<br>
--- On Tue, 7/19/11, Mark Abraham &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank" href="/mc/compose?to=Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<br>
<br>
From: Mark Abraham &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank" href="/mc/compose?to=Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Conversion of the GLYCAM dihedral parameters in the GROMACS format.<br>
To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Date: Tuesday, July 19, 2011, 7:08 AM<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;On 19/07/2011 11:56 PM, sa wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dear<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;GROMCS users,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;I<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;am trying to convert some GLYCAM parameters in GROMACS format.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;For this<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;purpose, I am using the latest GLYCAM parameters downloaded<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;from the RJ. Woods’<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;website and the examples given in the acpype code (here for<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the dihedral angles) :<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://code.google.com/p/acpype/source/browse/trunk/acpypi.py?spec=svn9&amp;r=9&amp;redir=1">http://code.google.com/p/acpype/source/browse/trunk/acpypi.py?spec=svn9&amp;r=9&amp;redir=1</a><br>

<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-------------------<br>
# dihedral &nbsp; &nbsp;idivf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;barrier hight/2 kcal/mol &nbsp;phase degrees &nbsp; &nbsp; &nbsp; periodicity &nbsp; &nbsp; comments<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; X -ca-ca-X &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.500* &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 180.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; intrpol.bsd.on C6H6<br>
<br>
* to convert to gmx: 14.5/4 * 4.184 * 2 (?) (yes in amb2gmx, no in topolbuild, why?) = 30.334 or 15.167 kJ/mol<br>
# X -CA-CA-X &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 14.50 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;180.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; intrpol.bsd.on C6H6 (from parm99.dat)<br>
<br>
# X-CA-CA-X &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;30.33400 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; -30.33400 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; ; intrpol.bsd.on C6H6<br>
<br>
-----------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;I have no problems with the parameters for proteins. But, in case of the GLYCAM parameters, I am a little confused<br>
<br>
about the conversion of dihedral force constants (DFC), especially when the DFC and the periodicity values are &lt; 0 for example<br>
for this torsion:<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;O2-P<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-OS-CP&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimethyl phosphate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Where only a positive value makes sense, sometimes people use<br>
 &nbsp; &nbsp;negative values to indicate some special functional form. This can<br>
 &nbsp; &nbsp;be easier to code. Regardless, you'll have to check out the GLYCAM<br>
 &nbsp; &nbsp;documentation and see what is meant, before you can address how to<br>
 &nbsp; &nbsp;convert it into a GROMACS format. Obviously the contents of parts of<br>
 &nbsp; &nbsp;chapter 4 and 5 of the manual will be important.<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Mark<br>
<br><br></blockquote></div>
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div></blockquote></td></tr></table>