I know, but the best reference is &quot;mean&quot;. And it is another mean that calculated after fit at some frame.<br><br><div class="gmail_quote">2011/8/16 Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi,<br>
<div class="im"><br>
&gt; This questuion may be hard. You need rabbi&#39;s advice))<br>
&gt; But there are some feature of the reference structure that makes it good or<br>
&gt; bad. It is mean deviation of the atomic coordinates of the fited structures<br>
&gt; from the reference, the best reference minimizes this measure. For a rigid<br>
&gt; structure it is acceptable choice to use first or any other frame, but for a<br>
&gt; flexible it can produce misfit and tangible distortion of the conformations&#39;<br>
&gt; relations.<br>
<br>
</div>The reference is used to align the system, not to calculate the<br>
deviations, unless explicitly specified to do so, which usually does<br>
not make sense. I&#39;ve commented on that on the list on several<br>
occasions. Taking the first frame, or the last or another is all fine.<br>
Just as long as the same reference is used for all trajectories that<br>
are to be compared.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Yuri.<br>
<div><div></div><div class="h5">&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>