Thank you, <br><br>What about the pressure that need to be used at that temperature<br>(for a system of a protein in tip4p water)<br><br>Thank you<br>With Regards<br>Kavya<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 17, 2011 at 3:29 PM, bipin singh <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bipinelmat@gmail.com">bipinelmat@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">As far as I know we do energy minimization at room temperature only.<br>
Only during equilibration<br>
(NVT and NPT) we use high temperature for maintaining proper density<br>
before starting the final production run.<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Mon, Oct 17, 2011 at 15:15, Kavyashree M &lt;<a href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Dear users,<br>
&gt;<br>
&gt; For simulating a protein at high temperature (more than 300K,<br>
&gt; less than 400K) using OPLSAA forcefield, what are the parameters<br>
&gt; other than Temperature that need to be taken care of?<br>
&gt; Does the energy minimization step also needs to be done at high<br>
&gt; temperature? (here my aim is not to simulate an unfolding event)<br>
&gt; I have a reference -<br>
&gt; Biophysical Journal Volume 94 June 2008 44444453<br>
&gt;<br>
&gt; Any other references or suggestions will be helpful.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanking you<br>
&gt; With Regards<br>
&gt; M. Kavyashree<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list  <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
-----------------------<br>
Regards,<br>
Bipin Singh<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list  <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>