<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Do you mean converting the gromacs trajectory into pdb file and using vmd to convert the pdb into desmond trajectory ?</span></div><div><span><br></span></div><div><br></div><div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "><div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "><font size="2" face="Arial"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thursday, October 27, 2011 7:16 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] How to convert a gromacs trajectory to Desmond
 trajectory format<br></font><br>
<meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off"><div id="yiv616349653">
  

    
  
  <div>
    On 28/10/2011 9:46 AM, Sanku M wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; ">
        <div>Hi,</div>
        <div>&nbsp; &nbsp; I was looking for some way out for converting the
          trajectory-files back and forth between two softwares between
          gromacs and Desmond.&nbsp;</div>
        <div>More specifically, if I run a simulation for a particular
          system using gromacs 4.5.4 , how can I convert it into Desmond
          trajectory file format ?</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    There are so many interconversion tools that there must be some
    intermediate format that both can read and write. At worst, PDB.<br>
    <br>
    Mark
  </div>

</div><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="on"><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br></div></div></div></body></html>