exactly<br><br>all hydrogens were represented as a part of the groupd in wich they were. So is there possible way to explicit it?<br><br>Another question about pdb2gmx. about -term<br>as I understood this must be used only if atoms for CAP groups are presented in the PDB file mustnt it?<br>
So what term exactly do? Doest it make a connection beetween CAP and C and N termi or anothing else?<br><br><br>James<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/31 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Its very unclear for me because after pdb2gmx -f 1.pdb -o conf.gro -ignh  with gromos force field<br>
<br>
I&#39;ve checked conf.gro by VMD and this structure didnt contains any hydrogens ;o<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I highly doubt that.  I&#39;ve used one of the Gromos96 force fields for nearly all of my work and it has never failed in any Gromacs version.  Perhaps you&#39;re simply not taking into account the fact that Gromos96 parameter sets are united atom, meaning that aliphatic hydrogens are not represented explicitly.<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
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</div></div></blockquote></div><br>