<i>This is the output  :<br><br>[root@BHARATPC ~]# /usr/local/bin/dssp<br>bash: /usr/local/bin/dssp: Permission denied<br><br>I have already set the pat for dssp in .bashrc using export command , I don&#39;t know why this error is there. Is it due to renaming dsspcmbi to dssp ??<br>
</i><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 5, 2012 at 4:08 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 5/04/2012 4:16 PM, bharat gupta wrote:
    <blockquote type="cite">Yes , I am using the correct options for dssp. But
      still I am getting the same error. <br>
    </blockquote>
    <br></div>
    What does invoking /usr/local/bin/dsspcmbi say?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite"><br>
      <div class="gmail_quote">On Thu, Apr 5, 2012 at 2:12 PM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div>
            <div>On 5/04/2012 10:25 AM, bharat gupta wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                Hi,<br>
                <br>
                I am trying to plot the ss content using the do_dssp
                command , but I am getting the following error :-<br>
                <br>
                Failed to execute command: /usr/local/bin/dsspcmbi -na
                ddldj5Bn ddXN9mH0 &gt; /dev/null 2&gt; /dev/null<br>
                <br>
                I am using the DSSPold version. What could be the
                possible reason for such an error ??<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
          </div>
          Many of them. Start by making sure you&#39;re following the advice
          of do_dssp -h.<span><font color="#888888"><br>
              <br>
              Mark</font></span>
          <div>
            <div><br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Bharat<br>
      Ph.D. Candidate<br>
      Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
      Biomolecular Engineering Laboratory<br>
      Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
      Pusan National University<br>
      Busan -609735<br>
      South Korea<br>
      Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343
      <div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>
        E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>
Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>
Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>