<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear Suryanarayana Seera<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please check the itp files mentioned in the topol.top and what u used in your commands. Especially check the solvent model. May be you have not changed that in the topol.top file.<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF646276"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Seera Suryanarayana [palusoori@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Monday, May 14, 2012 2:58 PM<br>
<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Regarding errors<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Dear all gromacs users,<br>
&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<div id=":3v">&nbsp;&nbsp;&nbsp; I tried the grompp and i got the following error.&quot;number of coordinates in coordinate file (4INS_b4ion.gro, 90396)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (4INS.top, 90393)&quot;.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is there any explanation why is this happens.I would appreceate any help.I am new in using moleculer dynamics and particularly in gromacs.<br>
<br>
<br>
</div>
<br>
Atom HA in residue MET 1 was not found in rtp entry MET with 11 atoms<br>
while sorting atoms.<br>
<br>
For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it<br>
might have had a different number in the PDB file and was rebuilt<br>
(it might for instance have been H3, and we only expected H1 &amp; H2).<br>
Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.<br>
Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.<br>
Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>
<br>
<br>
Regards<br>
Suryanarayana Seera,<br>
PhD student,<br>
Hyderabad,<br>
India.<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>