Dear£¨every one!<br><br>We found some problems of run gmx4.5.5 in parallel on the E3-1230 V2 CPU (<span></span>Ivy Bridge).<br><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span class="">T</span><span class="hps">he</span> <span class="hps">compilers we used were </span>ifort and icc (<span class="hps">Version 12.0.3</span><span class="hps">).</span></span><br>It only if the value of the option "-nt" &gt; 2, the mdrun program crashed after hundreds MD steps.<br>And we also noticed that the same .tpr file could successfully run on both the i7-2600 and AMD platforms.<br><br>The typically error outputs are attached below. Thanks for any responses and suggestions.<br><br>Wade Lv<br><br><br>Error Outputs:<br>==================================================<br>step 222: Water molecule starting at atom 3633 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br><br>step 222: Water molecule starting at atom 3882 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.5.5<br>Source code file: pme.c, line: 538<br><br>Fatal error:<br>1 particles communicated to PME node 0 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.<br>This usually means that your system is not well equilibrated.<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>=====================================================<br><br><div><tincludetail><br></tincludetail></div>